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Roumagnac Philippe rss

Unité d'affectation : UMR PHIM (Bios)
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192 publications

De la paire de bottes à la paire de bases : de l'intérêt d'étudier l'écologie des viromes de plantes

Maclot F., Candresse T., Filloux D., Rott P., Malmstrom C.M., van der Vlugt R., Massart S., Roumagnac P.. 2021. Virologie, 25 (1) : p. 29-42.

DOI: 10.1684/vir.2021.0879

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

metaXplor: An interactive viral and microbial metagenomic data manager

Sempere G., Petel A., Abbé M., Lefeuvre P., Roumagnac P., Mahé F., Mahe F., Baurens G., Filloux D.. 2021. GigaScience, 10 (2) : p. 1-8.

DOI: 10.1093/gigascience/giab001

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

A novel divergent geminivirus identified in asymptomatic new world cactaceae plants

Fontenele R.S., Salywon A.M., Majure L.C., Cobb I.N., Bhaskara A., Avalos-Calleros J., Argüello-Astorga G., Schmidlin K., Khalifeh A., Smith K., Schreck J., Lund M., Köhler M., Wojciechowski M., Hodgson W.C., Puente-Martinez R., Van Doorslaer K., Kumari S.G., Vernière C., Filloux D., Roumagnac P., Lefeuvre P., Ribeiro S.G., Kraberger S., Martin D.P., Varsani A.. 2020. Viruses, 12 (4) : 26 p..

DOI: 10.3390/v12040398

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Alfalfa leaf curl virus is transmitted by Aphis craccivora in a highly specific circulative manner

Ryckebusch F., Sauvion N., Granier M., Roumagnac P., Peterschmitt M.. 2020. Virology, 546 : p. 98-108.

DOI: 10.1016/j.virol.2020.04.004

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Diverse genomoviruses representing twenty-nine species identified associated with plants

Fontenele R.S., Roumagnac P., Richet C., Kraberger S., Stainton D., Aleamotu`a M., Filloux D., Bernardo P., Harkins G.W., McCarthy J., Charles L.S., Lamas N.S., Abreu E.F.M., Abreu R.A., Batista G.B., Lacerda A.L.M., Salywon A.M., Wojciechowski M., Majure L.C., Martin D.P., Ribeiro S.G., Lefeuvre P., Varsani A.. 2020. Archives of Virology, 165 (12) : p. 2891-2901.

DOI: 10.1007/s00705-020-04801-5

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Heterogeneity of the rice microbial community of the Chinese centuries-old Honghe Hani rice terraces system

Alonso P., Blondin L., Gladieux P., Mahe F., Mahé F., Sanguin H., Ferdinand R., Filloux D., Desmarais E., Cerqueira F., Jin B., Huang H., He X., Morel J.B., Martin D.P., Roumagnac P., Vernière C.. 2020. Environmental Microbiology, 22 (8) : p. 3429-3445.

DOI: 10.1111/1462-2920.15114

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

High-throughput sequencing for deciphering the virome of alfalfa (Medicago sativa L.)

Bejerman N., Roumagnac P., Nemchinov L.G.. 2020. Frontiers in Microbiology, 11 : 17 p..

DOI: 10.3389/fmicb.2020.553109

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Illuminating an ecological blackbox: Using high throughput sequencing to characterize the plant virome across scales

Maclot F., Candresse T., Filloux D., Malmstrom C.M., Roumagnac P., van der Vlugt R., Massart S.. 2020. Frontiers in Microbiology, 11 : 16 p..

DOI: 10.3389/fmicb.2020.578064

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Improvements in virus detection at CIRAD's sugarcane quarantine using both viral metagenomics and PCR-Based approaches

Fernandez E., Ferdinand R., Filloux D., Guinet I., Guinet-Brial I., Julian C., Rott P., Roumagnac P., Daugrois J.H.. 2020. Sugar Tech, 22 : p. 498-503.

DOI: 10.1007/s12355-019-00790-1

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Large-scale survey reveals pervasiveness and potential function of endogenous geminiviral sequences in plants

Sharma V., Lefeuvre P., Roumagnac P., Filloux D., Teycheney P.Y., Martin D.P., Maumus F.. 2020. Virus Evolution, 6 (2) : 13 p..

DOI: 10.1093/ve/veaa071

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Molecular detection of sugarcane striate virus and sugarcane white streak virus and their prevalence in the Miami World Collection of sugarcane and related grasses

Boukari W., Filloux D., Daugrois J.H., Fernandez E., Mollov D.S., Kaye C., Hincapie M., Sanchez A., Wang J., Roumagnac P., Rott P.. 2020. Plant Pathology, 69 (6) : p. 1060-1069.

DOI: 10.1111/ppa.13192

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Sorghum mastrevirus-associated alphasatellites: New geminialphasatellites associated with an African streak mastrevirus infecting wild Poaceae plants on Reunion Island

Claverie S., Varsani A., Hoareau M., Hoareau M.M., Filloux D., Roumagnac P., Martin D.P., Lefeuvre P., Lett J.M.. 2020. Archives of Virology, 165 (8) : p. 1925-1928.

DOI: 10.1007/s00705-020-04685-5

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Symptom evolution following the emergence of maize streak virus

Monjane A.L., Dellicour S., Hartnady P., Ruth Hay P., Oyeniran K.A., Owor B.E., Bezeidenhout M., Linderme D., Syed R.A., Donaldson L., Murray S., Rybicki E.P., Kvarnheden A., Yazdkhasti E., Lefeuvre P., Froissart R., Roumagnac P., Shepherd D.N., Harkins G.W., Suchard M., Lemey P., Varsani A., Martin D.P.. 2020. eLife, 9 : 19 p..

DOI: 10.7554/eLife.51984

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Yam asymptomatic virus 1, a novel virus infecting yams (Dioscorea spp.) with significant prevalence in a germplasm collection

Marais A., Umber M., Filloux D., Gomez R.M., Faure C., Pavis C., Julian C., Roumagnac P., Acina Manbole I.N., Acina I.N., Bonheur L., Theil S., Contreras S., Candresse T., Teycheney P.Y.. 2020. Archives of Virology, 165 : p. 2653-2657.

DOI: 10.1007/s00705-020-04787-0

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

First report of Sugarcane streak mosaic virus in sugarcane (Saccharum spp.) in Côte d'Ivoire

Daugrois J.H., Roumagnac P., Kouakou Y., Oura O.J.D.T., Pita J.S.. 2020. New Disease Reports, 41 : p. 22.

DOI: 10.5197/j.2044-0588.2020.041.022

Article (b-revue à comité de lecture)

A new prevalent densovirus discovered in Acari. Insight from metagenomics in viral communities associated with two-spotted mite (Tetranychus urticae) populations

François S., Mutuel D., Duncan A.B., Rodrigues L.R., Danzelle C., Lefevre S., Santos I., Frayssinet M., Fernandez E., Filloux D., Roumagnac P., Froissart R., Ogliastro M.. 2019. Viruses, 11 (3) : 24 p..

DOI: 10.3390/v11030233

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Diverse and variable virus communities in wild plant populations revealed by metagenomic tools

Susi H., Filloux D., Frilander M.J., Roumagnac P., Laine A.L.. 2019. PeerJ, 7 : 24 p..

DOI: 10.7717/peerj.6140

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Emergence of southern rice black-streaked dwarf virus in the centuries-old Chinese Yuanyang agrosystem of rice landraces

Alonso P., Gladieux P., Moubset O., Shih P.J., Mournet P., Frouin J., Blondin L., Ferdinand R., Fernandez E., Julian C., Filloux D., Adreit H., Fournier E., Ducasse A., Grosbois V., Morel J.B., Huang H., Jin B., He X., Martin D.P., Vernière C., Roumagnac P.. 2019. Viruses, 11 (11) : 13 p..

DOI: 10.3390/v11110985

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Evolution and ecology of plant viruses

Lefeuvre P., Martin D.P., Elena S.F., Shepherd D.N., Roumagnac P., Varsani A.. 2019. Nature Reviews. Microbiology : 13 p..

DOI: 10.1038/s41579-019-0232-3

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Exploring the diversity of Poaceae infecting mastreviruses on Reunion Island using a viral metagenomicsbased approach

Claverie S., Ouattara A., Hoareau M., Hoareau M.M., Filloux D., Varsani A., Roumagnac P., Martin D.P., Lett J.M., Lefeuvre P.. 2019. Scientific Reports, 9 : 11 p..

DOI: 10.1038/s41598-019-49134-9

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

High-throughput sequencing of complete genomes of ipomoviruses associated with an epidemic of cassava brown streak disease in the Comoros Archipelago

Scussel S., Candresse T., Marais A., Claverie S., Hoareau M., Hoareau M.M., Azali Hamza A., Verdin E., Tepfer M., Filloux D., Fernandez E., Roumagnac P., Robène I., Robène-Soustrade I., Soustrade I., Robene I., Lefeuvre P., Jourda C., Roux-Cuvelier M., Roux Cuvelier M., Lett J.M.. 2019. Archives of Virology, 164 (8) : p. 2193-2196.

DOI: 10.1007/s00705-019-04228-7

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Novel circular DNA viruses associated with Apiaceae and Poaceae from South Africa and New Zealand

Richet C., Kraberger S., Filloux D., Bernardo P., Harkins G.W., Martin D.P., Roumagnac P., Varsani A.. 2019. Archives of Virology, 164 (1) : p. 237-242.

DOI: 10.1007/s00705-018-4031-3

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Le phytobiome et l'agriculture de demain

Roumagnac P., Sanguin H.. 2019. TDC - Textes et Documents pour la Classe (1124) : p. 34-37.

Article (c-revue sans comité de lecture)

Optimize the plant microbiota to increase plant growth and health

Barret M., Dufour P., Durand-Tardif M., Mariadassou M., Mougel C., Perez P., Roumagnac P., Sanguin H., Steinberg C., Szambien M.. 2019. Paris : GIS Biotechnologies Vertes, 12 p..

Résumé

Article (d-site web)

Another night at the museum: searching for traces of plant viruses using the virion-associated nucleic acid metagenomics approach. [P.21]

Julian C., Filloux D., Rieux A., Lefeuvre P., Lett J.M., Becker N., Gagnevin L., Trinder-Smith T.H., Hartnady P., Ruth Hay P., Martin D.P., Roumagnac P.. 2019. In : Livre des résumés des 17 ème Rencontres de virologie végétale. Aussois : INRA, p. 80-80. Rencontres de Virologie Végétale (RVV 2019). 17, 2019-01-27/2019-01-31, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Assessment of the viral disease threats on sorghum and phenotyping support on diseases. [P.29]

Bangratz M., Tibiri E.B., Julian C., Filloux D., Pinel-Galzi A., Brugidou C., Roumagnac P., Tiendrebeogo F., Hebrard E.. 2019. In : Livre des résumés des 17 ème Rencontres de virologie végétale. Aussois : INRA, p. 88-88. Rencontres de Virologie Végétale (RVV 2019). 17, 2019-01-27/2019-01-31, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Deciphering plant virus ecology and evolution using metagenomics-based approaches

Filloux D., Lefeuvre P., Lett J.M., Varsani A., Harkins G.W., Malmstrom C.M., Martin D.P., Roumagnac P.. 2019. State College : s.n., 1 p.. International Congress on Virus Evolution. 10, 2019-03-07/2019-03-09, State College (Etats-Unis).

Résumé

Communication de congrès

Description of the diversity and structure of mastrevirus communities at the scale of an agrosystem in La Réunion based on a metagenomic approach

Claverie S., Scussel S., Hoareau M., Hoareau M.M., Hascoat J., Lebreton G., Grondin M., Filloux D., Roumagnac P., Martin D.P., Lett J.M., Lefeuvre P.. 2019. In : Livre des résumés des 17 ème Rencontres de virologie végétale. Aussois : INRA, p. 48-48. Rencontres de Virologie Végétale (RVV 2019). 17, 2019-01-27/2019-01-31, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Diversity and composition of arthropod pests' viral communities, and insights about pest viruses distribution in arthropod communities. [P.08]

François S., Kulikowski M., Frayssinet M., Filloux D., Fernandez E., Roumagnac P., Froissart R., Ogliastro M.. 2019. In : Livre des résumés des 17 ème Rencontres de virologie végétale. Aussois : INRA, p. 67-67. Rencontres de Virologie Végétale (RVV 2019). 17, 2019-01-27/2019-01-31, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Diversity and structure of Poaceae-infecting mastreviruses communities on Reunion Island using a viral metagenomics-based approach

Claverie S., Scussel S., Hoareau M., Hoareau M.M., Hascoat J., Lebreton G., Grondin M., Filloux D., Roumagnac P., Martin D.P., Lett J.M., Lefeuvre P.. 2019. In : Programme and abstracts of the 9th International Germinivirus Symposium (IGS 2019) and the 7th ssDNA Comparative virology workshop. Davis : University of California, p. 44-44. International Geminivirus Symposium. 9, 2019-11-09/2019-11-13, Davis (Etats-Unis).

Résumé

Communication de congrès

Effect of species composition on virome diversity in various ecosystemic communities of Poaceae

Maclot F., Candresse T., Filloux D., Roumagnac P., Massart S.. 2019. In : Livre des résumés des 17 ème Rencontres de virologie végétale. Aussois : INRA, p. 18-18. Rencontres de Virologie Végétale (RVV 2019). 17, 2019-01-27/2019-01-31, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Exploring within-host diversity of plant viruses in rice agrosystems using two high-throughput sequencing strategies

Poulicard N., Dereeper A., Pinel-Galzi A., Fernandez E., Julian C., Hubert J., Filloux D., Fargette D., Roumagnac P., Hebrard E.. 2019. In : Livre des résumés des 17 ème Rencontres de virologie végétale. Aussois : INRA, p. 34-34. Rencontres de Virologie Végétale (RVV 2019). 17, 2019-01-27/2019-01-31, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Geographical distribution and diversity of Plantago Lanceolata latent virus, a member of the Capulavirus genus

Filloux D., Galzi S., Julian C., Ryckebusch F., Granier M., Peterschmitt M., Davoodi Z., Susi H., Laine A.L., Roumagnac P.. 2019. In : Programme and abstracts of the 9th International Germinivirus Symposium (IGS 2019) and the 7th ssDNA Comparative virology workshop. Davis : University of California, p. 71-71. International Geminivirus Symposium. 9, 2019-11-09/2019-11-13, Davis (Etats-Unis).

Résumé

Communication de congrès

Global geographical distribution of capulaviruses. [P.42]

Galzi S., Filloux D., Richet C., Julian C., Ferdinand R., Davoodi Z., Bejerman N., Kumari S.G., Chatzivassiliou E.K., Fiallo-Olivé E., Navas-Castillo J., Susi H., Laine A.L., Varsani A., Harkins G.W., Martin D.P., Roumagnac P.. 2019. In : Livre des résumés des 17 ème Rencontres de virologie végétale. Aussois : INRA, p. 101-101. Rencontres de Virologie Végétale (RVV 2019). 17, 2019-01-27/2019-01-31, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Hidden diversity of endogenous geminiviral sequences across plant genomes and transcriptomes

Sharma V., Roumagnac P., Filloux D., Lefeuvre P., Teycheney P.Y., Martin D.P., Maumus F.. 2019. In : Programme and abstracts of the 9th International Germinivirus Symposium (IGS 2019) and the 7th ssDNA Comparative virology workshop. Davis : University of California, p. 58-58. International Geminivirus Symposium. 9, 2019-11-09/2019-11-13, Davis (Etats-Unis).

Résumé

Communication de congrès

Improvements in virus detection at CIRAD's sugarcane quarantine using both viral metagenomics and PCR-based approaches

Fernandez E., Ferdinand R., Filloux D., Guinet I., Guinet-Brial I., Julian C., Rott P., Roumagnac P., Daugrois J.H.. 2019. In : Proceedings of the XXX International Society of Sugar Cane Technologists Congress. Tucuman : ISSCT, p. 345-351. ISSCT Congress. 30, 2019-09-02/2019-09-05, Tucuman (Argentine).

Résumé

Communication de congrès

Nanopore-based detection and characterization of plant viruses. [P.14]

Filloux D., Fernandez E., Roumagnac P.. 2019. In : Livre des résumés des 17 ème Rencontres de virologie végétale. Aussois : INRA, p. 73-73. Rencontres de Virologie Végétale (RVV 2019). 17, 2019-01-27/2019-01-31, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Nanopore-based detection and characterization of yam viruses

Filloux D., Fernandez E., Loire E., Claude L., Galzi S., Candresse T., Winter S., Jeeva M.L., Makeshkumar T., Martin D.P., Roumagnac P.. 2019. In : Livre des résumés des 17 ème Rencontres de virologie végétale. Aussois : INRA, p. 53-53. Rencontres de Virologie Végétale (RVV 2019). 17, 2019-01-27/2019-01-31, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Night at the museum: Contribution of small RNA from historical herbarium specimens in the reconstruction of evolutionary histories of geminiviruses

Rieux A., Campos P., Scussel S., Duvermy A., Filloux D., Roumagnac P., Martin D.P., Becker N., Lett J.M.. 2019. In : Programme and abstracts of the 9th International Germinivirus Symposium (IGS 2019) and the 7th ssDNA Comparative virology workshop. Davis : University of California, p. 36-36. International Geminivirus Symposium. 9, 2019-11-09/2019-11-13, Davis (Etats-Unis).

Résumé

Communication de congrès

Night at the museum: Contribution of small RNA from historical herbarium specimens in the reconstruction of evolutionary histories of geminiviruses

Lett J.M., Scussel S., Campos P., Filloux D., Roumagnac P., Harkins G.W., Martin D.P., Roumagnac P., Martin D.P., Lefeuvre P., Rieux A., Becker N.. 2019. In : Livre des résumés des 17 ème Rencontres de virologie végétale. Aussois : INRA, p. 52-52. Rencontres de Virologie Végétale (RVV 2019). 17, 2019-01-27/2019-01-31, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Novel divergent geminivirus infecting Cactaceae plants

Fontenele R.S., Cobb I.N., Khalifeh A., Smith K., Schreck J., Schmidlin K., Kraberger S., Majure L.C., Salywon A.M., Köhler M., Wojciechowski M., Lund M., Van Doorslaer K., Roumagnac P., Lefeuvre P., Kumari S.G., Ribeiro S.G., Varsani A.. 2019. In : Programme and abstracts of the 9th International Germinivirus Symposium (IGS 2019) and the 7th ssDNA Comparative virology workshop. Davis : University of California, p. 42-43. International Geminivirus Symposium. 9, 2019-11-09/2019-11-13, Davis (Etats-Unis).

Résumé

Communication de congrès

Reverse transcriptase template switching: a method for without a priori amplification of full-length genome of positive-sense single-strand polyadenylated RNA plant viruses. [P.51]

Claude L., Fernandez E., Roumagnac P., Filloux D.. 2019. In : Livre des résumés des 17 ème Rencontres de virologie végétale. Aussois : INRA, p. 110-110. Rencontres de Virologie Végétale (RVV 2019). 17, 2019-01-27/2019-01-31, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Symptom evolution following the emergence of maize streak virus

Monjane A.L., Dellicour S., Hartnady P., Ruth Hay P., Oyeniran K.A., Owor B.E., Bezeidenhout M., Linderme D., Syed R.A., Donaldson L., Murray S., Rybicki E.P., Kvarnheden A., Yazdkhasti E., Lefeuvre P., Froissart R., Roumagnac P., Shepherd D.N., Harkins G.W., Suchard M., Lemey P., Varsani A., Martin D.P.. 2019. In : Programme and abstracts of the 9th International Germinivirus Symposium (IGS 2019) and the 7th ssDNA Comparative virology workshop. Davis : University of California, p. 21-22. International Geminivirus Symposium. 9, 2019-11-09/2019-11-13, Davis (Etats-Unis).

Résumé

Communication de congrès

Alphasatellitidae: A new family with two subfamilies for the classication of geminivirus- and nanovirus-associated alphasatellites

Briddon R.W., Martin D.P., Roumagnac P., Navas-Castillo J., Fiallo-Olivé E., Moriones E., Lett J.M., Zerbini F.M., Varsani A.. 2018. Archives of Virology, 163 (9) : p. 2587-2600.

DOI: 10.1007/s00705-018-3854-2

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Characterization of alfalfa virus F, a new member of the genus Marafivirus

Nemchinov L.G., François S., Roumagnac P., Ogliastro M., Hammond R.W., Mollov D.S., Filloux D.. 2018. PloS One, 13 (9) : 11 p..

DOI: 10.1371/journal.pone.0203477

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Comparison of loop-mediated isothermal amplification, polymerase chain reaction, and selective isolation assays for detection of Xanthomonas albilineans from sugarcane

Duarte Dias V., Fernandez E., Cunha M.G., Pieretti I., Hincapie M., Roumagnac P., Comstock J.C., Rott P.. 2018. Tropical Plant Pathology, 43 (4) : p. 351-359.

DOI: 10.1007/s40858-018-0216-2

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

First report of alfalfa leaf curl Virus affecting alfalfa (Medicago sativa) in Jordan, Lebanon, Syria, and Tunisia

Kumari S.G., Moukahel A.R., Richet C., Galzi S., Filloux D., Roumagnac P., Asaad N., Hijazi J., Mghandef S.. 2018. Plant Disease, 102 (10) : 2 p..

DOI: 10.1094/PDIS-03-18-0404-PDN

Article (a-revue à facteur d'impact)

First report of alfalfa leaf curl Virus from alfalfa in Iran

Davoodi Z., Heydarnejad J., Massumi H., Richet C., Galzi S., Filloux D., Roumagnac P.. 2018. Plant Disease, 102 (11) : p. 2385.

DOI: 10.1094/PDIS-04-18-0571-PDN

Article (a-revue à facteur d'impact)

Geometagenomics illuminates the impact of agriculture on the distribution and prevalence of plant viruses at the ecosystem scale

Bernardo P., Charles-Dominique T., Barakat M., Ortet P., Fernandez E., Filloux D., Hartnady P., Rebelo T.A., Cousins S., Mesleard F., Cohez D., Yaverkovski N., Varsani A., Harkins G.W., Peterschmitt M., Malmstrom C., Martin D.P., Roumagnac P.. 2018. ISME Journal, 12 : p. 174-184.

DOI: 10.1038/ismej.2017.155

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Increase in taxonomic assignment efficiency of viral reads in metagenomic studies

François S., Filloux D., Frayssinet M., Roumagnac P., Martin D.P., Ogliastro M., Froissart R.. 2018. Virus Research, 244 : p. 230-234.

DOI: 10.1016/j.virusres.2017.11.011

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Nanopore-based detection and characterization of yam viruses

Filloux D., Fernandez E., Loire E., Claude L., Galzi S., Candresse T., Winter S., Jeeva M.L., Makeshkumar T., Martin D.P., Roumagnac P.. 2018. Scientific Reports, 8 : 11 p..

DOI: 10.1038/s41598-018-36042-7

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Nanovirus-alphasatellite complex identi ed in Vicia cracca in the Rho^ne delta region of France

Gallet R., Kraberger S., Filloux D., Galzi S., Fontes H., Martin D.P., Varsani A., Roumagnac P.. 2018. Archives of Virology, 163 (3) : p. 695-700.

DOI: 10.1007/s00705-017-3634-4

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Notes on recombination and reassortment in multipartite/segmented viruses

Varsani A., Lefeuvre P., Roumagnac P., Martin D.P.. 2018. Current Opinion in Virology, 33 : p. 156-166.

DOI: 10.1016/j.coviro.2018.08.013

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

The westward journey of alfalfa leaf curl virus

Davoodi Z., Bejerman N., Richet C., Filloux D., Kumari S.G., Chatzivassiliou E.K., Galzi S., Julian C., Samarfard S., Trucco V., Giolitti F., Fiallo-Olivé E., Navas-Castillo J., Asaad N., Rahman Moukahel A., Hijazi J., Mghandef S., Heydarnejad J., Massumi H., Varsani A., Dietzgen R.G., Harkins G.W., Martin D.P., Roumagnac P.. 2018. Viruses, 10 (10) : 16 p..

DOI: 10.3390/v10100542

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Viral metagenomic-based screening of sugarcane from florida reveals occurrence of six sugarcane-infecting viruses and high prevalence of Sugarcane yellow leaf virus

Filloux D., Fernandez E., Comstock J.C., Mollov D.S., Roumagnac P., Rott P.. 2018. Plant Disease, 102 (11) : p. 2317-2323.

DOI: 10.1094/PDIS-04-18-0581-RE

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

From spatial metagenomics to molecular characterization of plant viruses: A geminivirus case study

Claverie S., Bernardo P., Kraberger S., Hartnady P., Lefeuvre P., Lett J.M., Galzi S., Filloux D., Harkins G.W., Varsani A., Martin D.P., Roumagnac P.. 2018. In : Malmstrom Carolyn M. (ed.). Environmental virology and virus ecology. Burlington : Academic Press, p. 55-83. (Advances in Virus Research, 101).

DOI: 10.1016/bs.aivir.2018.02.003

Résumé

Chapitre d'ouvrage

Viral metagenomics and sugarcane pathogens

Roumagnac P., Mollov D.S., Daugrois J.H., Filloux D.. 2018. In : Rott Philippe (ed.). Achieving sustainable cultivation of sugarcane. Volume 2: Breeding, pests and diseases. Cambridge : Burleigh Dodds Science Publishing, p. 183-200. (Burleigh Dodds Series in Agricultural Science).

DOI: 10.19103/AS.2017.0035.20

Chapitre d'ouvrage

Viral metagenomics approaches for high-resolution screening of multiplexed arthropod and plant viral communities

François S., Filloux D., Fernandez E., Ogliastro M., Roumagnac P.. 2018. In : Pantaleo Vitantonio (ed.), Chiumenti Michela (ed.). Viral metagenomics: methods and protocols. New York : Humana Press, p. 77-95. (Methods in Molecular Biology, 1746).

DOI: 10.1007/978-1-4939-7683-6_7

Résumé

Chapitre d'ouvrage

" Night at the museum ": filling the gaps in the history of emergence of crop pathogenic bacteria using herbarium material

Rieux A., Roumagnac P., Szurek B., Gaudeul M., Becker N., Gagnevin L.. 2018. In : 13èmes Rencontres Plantes-Bactéries - Book of Abstracts. Paris : SFP, p. 18-18. Rencontres Plantes-Bactéries. 13, 2018-01-29/2018-02-02, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Characterization of the rice microbiota: development and contribution of the 'culturomics' approach. P3

Blondin L., Alonso P., Pierreti I., Godreuil S., Roumagnac P., Vernière C.. 2018. In : Book of abstract Pathobiome 2018. Ajaccio : INRA, p. 33-34. Pathobiome, 2018-03-18/2018-03-20, Ajaccio (France).

Résumé

Communication de congrès

Development of a multigenic metabarcoding protocol for deciphering the diversity of plant-associated Archaea. [144]

Pieretti I., Mahe F., Mahé F., Alonso P., Blondin L., Roumagnac P., Vernière C.. 2018. In : Book of abstract of the International Phytobiomes Conference 2018. Montpellier : International Phytobiomes Alliance; INRA, p. 68-68. International phytobiomes conference. 2, 2018-12-04/2018-12-06, Montpellier (France).

Résumé

Communication de congrès

Development of MetaXplor: a viral metagenomics database. P29

Filloux D., Petel A., Sempere G., Claverie S., Lefeuvre P., Mahe F., Mahé F., Roumagnac P.. 2018. In : Book of abstract Pathobiome 2018. Ajaccio : INRA, p. 50-50. Pathobiome, 2018-03-18/2018-03-20, Ajaccio (France).

Résumé

Communication de congrès

Étude de la diversité des virus des plantes conservés dans les herbiers

Delattre R., Julian C., Fernandez E., Filloux D., Roumagnac P.. 2018. In : Actes de conférences : Le printemps de Baillarguet. Montpellier : CIRAD, p. 12-12. Le printemps de Baillarguet 2018. 10, 2018-05-28/2018-05-29, Montpellier.

Résumé

Communication de congrès

Exploring within-host diversity of plant viruses in rice agrosystems using two high-throughput sequencing strategies

Poulicard N., Dereeper A., Pinel-Galzi A., Fernandez E., Julian C., Hubert J., Filloux D., Fargette D., Roumagnac P., Hebrard E.. 2018. In : Book of abstract of the International Phytobiomes Conference 2018. Montpellier : International Phytobiomes Alliance; INRA, p. 68-68. International phytobiomes conference. 2, 2018-12-04/2018-12-06, Montpellier (France).

Résumé

Communication de congrès

Genomic characterization of sugarcane mild mosaic virus

Filloux D., Fernandez E., Mollov D.S., Julian C., Rott P., Roumagnac P., Daugrois J.H.. 2018. In : Book of Abstracts XII ISSCT Pathology Workshop. Coimbatore : ISSCT, p. 26-27. ISSCT Pathology Workshop. 12, 2018-09-03/2018-09-07, Coimbatore (Inde).

Communication de congrès

Geometagenomics: A second metagenomics generation to better understand plant virus ecology and evolution

Filloux D., Martin D.P., Roumagnac P.. 2018. Liège : s.n., 1 p.. Final Meeting of COST-DIVAS Action: HTS Technologies for the study and diagnostic of plant viruses, 2018-11-26/2018-11-30, Liège (Belgique).

Résumé

Communication de congrès

Geometagenomics illuminates the impact of agriculture on the distribution and prevalence of plant viruses at the ecosystem scale. O13

Bernardo P., Charles-Dominique T., Barakat M., Ortet P., Fernandez E., Filloux D., Hartnady P., Rebelo T.A., Cousins S., Mesleard F., Cohez D., Yaverkovski N., Varsani A., Harkins G.W., Peterschmitt M., Malmstrom C., Martin D.P., Roumagnac P.. 2018. In : Book of abstract Pathobiome 2018. Ajaccio : INRA, p. 25-26. Pathobiome, 2018-03-18/2018-03-20, Ajaccio (France).

Résumé

Communication de congrès

Identification of two SCYLV recombinants between different genotypes in the germplasm collection of Guadeloupe

Fernandez E., Filloux D., Julian C., Roumagnac P., Daugrois J.H.. 2018. In : Book of Abstracts XII ISSCT Pathology Workshop. Coimbatore : ISSCT, p. 28-28. ISSCT Pathology Workshop. 12, 2018-09-03/2018-09-07, Coimbatore (Inde).

Communication de congrès

Les virus pre´fe`rent les zones cultive´es aux zones sauvages

Roumagnac P.. 2018. Paris : Société Française de Virologie, 1 p.. Journées Francophones de Virologie. 20, 2018-03-22/2018-03-23, Paris (France).

Résumé

Communication de congrès

Relationship between rice genetic diversity and microbiota composition in traditional Yuanyang rice terraces of China. P1

Filloux D., Ferdinand R., Fernandez E., Huang H., Jin B., He X., Ali S., Vernière C., Roumagnac P.. 2018. In : Book of abstract Pathobiome 2018. Ajaccio : INRA, p. 32-32. Pathobiome, 2018-03-18/2018-03-20, Ajaccio (France).

Résumé

Communication de congrès

Rice genetic diversity and microbiome characterization of a centuries-old Chinese rice agro-system

Alonso P., Filloux D., Blondin L., Mahé F., Mahe F., Fournier E., Gladieux P., Ducasse A., Morel J.B., Mournet P., Huang H., Jin B., He X., Ferdinand R., Fernandez E., Vernière C., Roumagnac P.. 2018. In : Book of abstract of the International Phytobiomes Conference 2018. Montpellier : International Phytobiomes Alliance; INRA, p. 48-48. International phytobiomes conference. 2, 2018-12-04/2018-12-06, Montpellier (France).

Résumé

Communication de congrès

Visacane sugarcane quarantine and its partner networks

Fernandez E., Thong-Chane A., Thong Chane A., Barau L., Filloux D., Guinet I., Guinet-Brial I., Mollow D., Julian C., Ferdinand R., Roumagnac P., Daugrois J.H.. 2018. In : Rao G.P. (ed;), Solomon S. (ed.), Li Yang-Rui (ed.), Swapna M. (ed.), Sinh Priyanka (ed.), Tiwari Ajay (ed.), Vanichsriratana Wirat (ed.), Uraichuen Sopon (ed.). Sugar crops improvement, biotechnology, Bio-refinery and diversification: Impacts on bio-based economy: 6th IAPSIT International Sugar Conference. Souvenir de presentation IS-2018. Udon Thani : TSSCT; IAPSIT, p. 52-52. IAPSIT International Sugar Conference. 6, 2018-03-06/2018-03-09, Udon Thani (Thaïlande).

Résumé

Communication de congrès

Capulavirus and Grablovirus: Two new genera in the family Geminiviridae

Varsani A., Roumagnac P., Fuchs M., Navas-Castillo J., Moriones E., Idris A., Briddon R.W., Rivera-Bustamante R., Zerbini F.M., Martin D.P.. 2017. Archives of Virology, 162 (6) : p. 1819-1831.

DOI: 10.1007/s00705-017-3268-6

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Complete genome sequences of cowpea polerovirus 1 and cowpea polerovirus 2 infecting cowpea plants in Burkina Faso

Palanga E., Martin D.P., Galzi S., Zabré J., Bouda Z., Bouma Neya J., Sawadogo M., Traoré O., Peterschmitt M., Roumagnac P., Filloux D.. 2017. Archives of Virology, 162 (7) : p. 2149-2152.

DOI: 10.1007/s00705-017-3327-z

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Exploiting genetic information to trace plant virus dispersal in landscapes

Picard C., Dallot S., Brunker K., Berthier K., Roumagnac P., Soubeyrand S., Jacquot E., Thébaud G.. 2017. Annual Review of Phytopathology, 55 : p. 139-160.

DOI: 10.1146/annurev-phyto-080516-035616

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Genome sequences of a capulavirus infecting Plantago lanceolata in the Aland archipelago of Finland

Susi H., Laine A.L., Filloux D., Kraberger S., Farkas K., Bernardo P., Frilander M.J., Martin D.P., Varsani A., Roumagnac P.. 2017. Archives of Virology, 162 (7) : p. 2041-2045.

DOI: 10.1007/s00705-017-3298-0

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

ICTV virus taxonomy profile: Geminiviridae

Zerbini F.M., Briddon R.W., Idris A., Martin D.P., Moriones E., Navas-Castillo J., Rivera-Bustamante R., Roumagnac P., Varsani A.. 2017. Journal of General Virology, 98 : p. 131-133.

DOI: 10.1099/jgv.0.000738

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Occurrence of a novel mastrevirus in sugarcane germplasm collections in Florida, Guadeloupe and Réunion

Boukari W., Alcala-Briseño R.I., Kraberger S., Fernandez E., Filloux D., Daugrois J.H., Comstock J.C., Lett J.M., Martin D.P., Varsani A., Roumagnac P., Polston J.E., Rott P.. 2017. Virology Journal, 14 : 8 p..

DOI: 10.1186/s12985-017-0810-9

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Two novel Alphaflexiviridae members revealed by deep sequencing of the Vanilla (Orchidaceae) virome

Grisoni M., Marais A., Filloux D., Saison A., Faure C., Julian C., Theil S., Contreras S., Teycheney P.Y., Roumagnac P., Candresse T.. 2017. Archives of Virology, 162 (12) : p. 3855-3861.

DOI: 10.1007/s00705-017-3540-9

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

First report of maize yellow mosaic virus infecting maize in Burkina Faso

Palanga E., Longué R.D.S., Koala M., Néya J.B., Traoré O., Martin D.P., Peterschmitt M., Filloux D., Roumagnac P.. 2017. New Disease Reports, 35 : p. 26.

DOI: 10.5197/j.2044-0588.2017.035.026

Article (b-revue à comité de lecture)

Development of a multigenic metabarcoding of prokaryotic microbiota: application to Bacteria and Archaea of agronomical interest encountered in the rice rhizosphere of Camargue

Pieretti I., Ogier J.C., Blondin L., Roumagnac P.. 2017. Paris : INRA, p. 87-87. International Conference on Holobionts, 2017-04-19/2017-04-21, Paris (France).

Résumé

Communication de congrès

Development of bioinformatics tools for sequence data mining and virus discovery. [P40]

Filloux D., Petel A., Sempere G., Claverie S., Lefeuvre P., Mahe F., Mahé F., Roumagnac P.. 2017. In : Livre des résumés des 16 ème Rencontres de virologie végétale. Aussois : CIRAD; CNRS, p. 101-101. Rencontres de virologie végétale, 2017-01-15/2017-01-19, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Metagenomics-based discovery and molecular characterization of a novel sugarcane mastrevirus. [P13]

Fernandez E., Boukari W., Alcala-Briseño R.I., Kraberger S., Filloux D., Lett J.M., Lefeuvre P., Comstock J.C., Daugrois J.H., Varsani A., Polston J.E., Rott P., Roumagnac P.. 2017. In : Livre des résumés des 16 ème Rencontres de virologie végétale. Aussois : CIRAD; CNRS, p. 74-74. Rencontres de virologie végétale, 2017-01-15/2017-01-19, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Metagenomics-based discovery and molecular characterization of novel geminiviruses from two Mediterranean-climate biodiversity hotspots. [P57]

Galzi S., Bernardo P., Fernandez E., Julian C., Ferdinand R., Harkins G.W., Peterschmitt M., Martin D.P., Filloux D., Roumagnac P.. 2017. In : Livre des résumés des 16 ème Rencontres de virologie végétale. Aussois : CIRAD; CNRS, p. 118-118. Rencontres de virologie végétale, 2017-01-15/2017-01-19, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Spatial metagenomics illuminate the impact of agriculture on the distribution and prevalence of plant viruses at the ecosystem scale

Roumagnac P., Bernardo P., Charles-Dominique T., Fernandez E., Filloux D., Ortet P., Barakat M., Rebelo T.A., Cousins S., Mesleard F., Cohez D., Yaverkovski N., Varsani A., Harkins G.W., Peterschmitt M., Malmstrom C.M., Martin D.P.. 2017. Paris : INRA, p. 93-93. International Conference on Holobionts, 2017-04-19/2017-04-21, Paris (France).

Résumé

Communication de congrès

Sugarcane mild mosaic virus: towards the full characterization of this sugarcane Ampelovirus re-discovered using metagenomics-based approaches. [P03]

Daugrois J.H., Candresse T., Fernandez E., Filloux D., Julian C., Teycheney P.Y., Mollov D.S., Roumagnac P.. 2017. In : Livre des résumés des 16 ème Rencontres de virologie végétale. Aussois : CIRAD; CNRS, p. 64-64. Rencontres de virologie végétale, 2017-01-15/2017-01-19, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Understanding how long-term microbiome-plant-environment interactions drive the emergence or non-emergence of rice diseases in the Chinese Yunnan province. [P39]

Alonso P., Filloux D., Ferdinand R., Blondin L., Baihui, He X., Vernière C., Roumagnac P.. 2017. In : Livre des résumés des 16 ème Rencontres de virologie végétale. Aussois : CIRAD; CNRS, p. 100-100. Rencontres de virologie végétale, 2017-01-15/2017-01-19, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Using preserved herbarium specimens to analyse past viral diversity: preliminary methodological results. [P53]

Julian C., Fernandez E., Lefeuvre P., Lett J.M., Bernardo P., Malmstrom C.M., Martin D.P., Filloux D., Roumagnac P.. 2017. In : Livre des résumés des 16 ème Rencontres de virologie végétale. Aussois : CIRAD; CNRS, p. 114-114. Rencontres de virologie végétale, 2017-01-15/2017-01-19, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Viral metagenomics-based approach to uncover mastreviruses diversity within Reunion Island's agroecological interfaces. [P50]

Claverie S., Ouattara A., Hoareau M., Hoareau M.M., Hascoat J., Lebreton G., Grondin M., Fernandez E., Filloux D., Roumagnac P., Lett J.M., Lefeuvre P.. 2017. In : Livre des résumés des 16 ème Rencontres de virologie végétale. Aussois : CIRAD; CNRS, p. 111-111. Rencontres de virologie végétale, 2017-01-15/2017-01-19, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Le microbiote des plantes : un ménage à trois milliards ?

Roumagnac P.. 2017. Montpellier : Université de Montpellier, 49 p.. Habilitation à diriger des recherches.

HDR

Discovery of parvovirus-related sequences in an unexpected broad range of animals

François S., Filloux D., Roumagnac P., Bigot D., Gayral P., Martin D.P., Froissart R., Ogliastro M.. 2016. Scientific Reports, 6 (30880) : 13 p..

DOI: 10.1038/srep30880

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Diverse circular replication-associated protein encoding viruses circulating in invertebrates within a lake ecosystem

Dayaram A., Galatowitsch M.L., Argüello-Astorga G., van Bysterveldt K., Kraberger S., Stainton D., Harding J.S., Roumagnac P., Martin D.P., Lefeuvre P., Varsani A.. 2016. Infection, Genetics and Evolution, 39 : p. 304-316.

DOI: 10.1016/j.meegid.2016.02.011

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Metagenomic-based screening and molecular characterization of cowpea-infecting viruses in Burkina Faso

Palanga E., Filloux D., Martin D.P., Fernandez E., Gargani D., Ferdinand R., Zabré J., Bouda Z., Neya B., Sawadogo M., Traoré O., Peterschmitt M., Roumagnac P.. 2016. PloS One, 11 (10) : 21 p..

DOI: 10.1371/journal.pone.0165188

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Molecular characterization and prevalence of two capulaviruses: Alfalfa leaf curl virus from France and Euphorbia caput-medusae latent virus from South Africa

Bernardo P., Muhire B., François S., Deshoux M., Hartnady P., Farkas K., Kraberger S., Filloux D., Fernandez E., Galzi S., Ferdinand R., Granier M., Marais A., Monge Blasco P., Candresse T., Escriu F., Varsani A., Harkins G.W., Martin D.P., Roumagnac P.. 2016. Virology, 493 : p. 142-153.

DOI: 10.1016/j.virol.2016.03.016

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Prevalence of Sugarcane yellow leaf virus in sugarcane producing regions in Kenya revealed by reverse transcription loop-mediated isothermal amplification method

Amata R.L., Fernandez E., Filloux D., Martin D.P., Rott P., Roumagnac P.. 2016. Plant Disease, 100 (2) : p. 260-268.

DOI: 10.1094/PDIS-05-15-0602-RE

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Deciphering plant-associated viruses at the agroecosystem scale using geometagenomics

Charles-Dominique T., Fernandez E., Filloux D., Ortet P., Barakat M., Rebelo T.A., Varsani A., Malmstrom C.M., Martin D.P., Roumagnac P.. 2016. Helsinki : University of Helsinki, 1 p.. International Meeting on Wild Plant Pathosystems. 2, 2016-08-29/2016-08-31, Helsinki (Finlande).

Résumé

Communication de congrès

Identification of a new Mastrevirus of Saccharum barberi, Saccharum officinarum and Saccharum spontaneum in Florida

Boukari W., Alcala-Briseño R.I., Kraberger S., Fernandez E., Filloux D., Comstock J.C., Varsani A., Roumagnac P., Polston J.E., Rott P.. 2016. Tampa : s.n., p. 1-2. APS annual meeting, 2016-07-30/2016-08-03, Tampa (Etats-Unis).

Résumé

Communication de congrès

Is aphid transmission a distinguishing feature of the new Capulavirus genus?

Peterschmitt M., Granier M., Deshoux R., Ferdinand R., Coeur d'Acier A., Roumagnac P.. 2016. New Delhi : Université de Delhi, 1 p.. International Geminivirus Symposium. 8, 2016-11-07/2016-11-10, New Delhi (Inde).

Résumé

Communication de congrès

Metagenomics-based exploration of the genetic diversity of SCYLV in the sugarcane collection of Guadeloupe

Fernandez E., Filloux D., Julian C., Lubin Adjanoh N., Adjanoh-Lubin N., Lubin N., Teycheney P.Y., Candresse T., Roumagnac P., Daugrois J.H.. 2016. In : Building bridges between disciplines for sustainable management of plant virus diseases. Avignon : INRA, p. 83. International Plant Virus Epidemiology Symposium. 13, 2016-06-06/2016-06-10, Avignon (France).

Résumé

Communication de congrès

The genomes of several plant species contain endogenous geminiviral sequences

Filloux D., Murrell S., Koohapitagtam M., Golden M., Julian J., Martin-Lubrano J., Martin J., Galzi S., Uzest M., Rodier M., Rodier-Goud M., Goud M., D'Hont A., Vernerey M.S., Wilkin P., Peterschmitt M., Winter S., Murrell B., Martin D.P., Roumagnac P.. 2016. In : 8th International Geminivirus Symposium. s.l. : s.n., p. 1-1. International Geminivirus Symposium. 8, 2016-11-07/2016-11-10, New Delhi (Inde).

Résumé

Communication de congrès

Alfalfa leaf curl virus: an aphid-transmitted geminivirus

Roumagnac P., Granier M., Bernardo P., Deshoux M., Ferdinand R., Galzi S., Fernandez E., Julian C., Abt I., Filloux D., Mesleard F., Varsani A., Blanc S., Martin D.P., Peterschmitt M.. 2015. Journal of Virology, 89 (18) : p. 9683-9688.

DOI: 10.1128/JVI.00453-15

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Identification of novel Bromus- and Trifolium-associated circular DNA viruses

Kraberger S., Farkas K., Bernardo P., Booker C., Argüello-Astorga G., Mesleard F., Martin D.P., Roumagnac P., Varsani A.. 2015. Archives of Virology, 160 (5) : p. 1303-1311.

DOI: 10.1007/s00705-015-2358-6

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Metagenomic analysis of the sugarcane virome in Florida reveals prevalent and potential novel viruses

Fernandez E., Filloux D., Comstock J.C., Roumagnac P., Rott P.. 2015. Phytopathology, 105 (11S) : p. S4.43. 2015 APS Annual Meeting, 2015-08-01/2015-08-05, Pasadena (Etats-Unis).

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Plant virus metagenomics: Advances in virus discovery

Roossinck M.J., Martin D.P., Roumagnac P.. 2015. Phytopathology, 105 (6) : p. 716-727.

DOI: 10.1094/PHYTO-12-14-0356-RVW

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Visacane: An innovative quarantine tool for the exchange of pest and disease-free sugarcane germplasm

Guinet I., Guinet-Brial I., Girard J.C., Roumagnac P., Daugrois J.H., Fernandez E., Rott P.. 2015. International Sugar Journal : p. 890-896.

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

The genomes of many yam species contain transcriptionally active endogenous geminiviral sequences that may be functionally expressed

Filloux D., Murrell S., Koohapitagtam M., Golden M., Julian C., Galzi S., Uzest M., Goud M., Rodier M., Rodier-Goud M., D'Hont A., Vernerey M.S., Wilkin P., Peterschmitt M., Winter S., Murrell B., Martin D.P., Roumagnac P.. 2015. Virus Evolution, 1 (1) : 17 p..

DOI: 10.1093/ve/vev002

Résumé

Article (b-revue à comité de lecture)

Metagenomics approaches based on virion-associated nucleic acids (VANA): an innovative tool for assessing without A priori viral diversity of plants

Filloux D., Dallot S., Delaunay A., Galzi S., Jacquot E., Roumagnac P.. 2015. In : Lacomme Christophe (ed.). Plant pathology: techniques and protocols. New York : Springer [Etats-Unis], p. 249-257. (Methods in Molecular Biology, 1302).

DOI: 10.1007/978-1-4939-2620-6_18

Résumé

Chapitre d'ouvrage

SNaPshot and CE-SSCP: two simple and cost-effective methods to reveal genetic variability within a virus species

Delaunay A., Dallot S., Filloux D., Dupuy V., Roumagnac P., Jacquot E.. 2015. In : Lacomme Christophe (ed.). Plant pathology: techniques and protocols. New York : Springer [Etats-Unis], p. 187-206. (Methods in Molecular Biology, 1302).

DOI: 10.1007/978-1-4939-2620-6_15

Résumé

Chapitre d'ouvrage

Detection of Xanthomonas albilineans in sugarcane stalks using lamp PCR and selective isolation assays

Duarte Dias V., Fernandez E., Da Cunha M.G., Roumagnac P., Comstock J.C., Rott P.. 2015. In : Book of abstracts. XI Pathology and IX Entomology ISSCT joint Workshop. Guayaquil : FIADE, p. 26-26. ISSCT Pathology Workshop. 11, 2015-09-14/2015-09-18, Guayaquil (Equateur).

Résumé

Communication de congrès

Impact of NGS-based diagnosis on sugarcane quarantine processes

Daugrois J.H., Darroussat M.J., Ferriere M.J., Putaggio C., Fenouillet-Putaggio C., Fenouillet C., Ferdinand R., Fernandez E., Filloux D., Galzi S., Guinet I., Guinet-Brial I., Julian C., Lubin N., Adjanoh-Lubin N., Lubin Adjanoh N., Roques-Rogery D., Roques D., Roumagnac P.. 2015. In : Book of abstracts. XI Pathology and IX Entomology ISSCT joint Workshop. Guayaquil : FIADE, p. 17-17. ISSCT Pathology Workshop. 11, 2015-09-14/2015-09-18, Guayaquil (Equateur).

Résumé

Communication de congrès

Improved diagnostic tools for the detection badnaviruses in yams unveil the existence of endogenous sequences of extant badnavirus species in yams. [O.36]

Umber M., Filloux D., Muller E., Laboureau N., Galzi S., Gomez R.M., Roumagnac P., Iskra M.L., Iskra Caruana M.L., Caruana M.L., Pavis C., Teycheney P.Y.. 2015. In : CIRAD ; IRD. 15èmes Rencontres de Virologie Végétale, Aussois, France, 18-22 janvier 2015. s.l. : s.n., p. 51-51. Rencontres de virologie végétale. 15, 2015-01-18/2015-01-22, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Looking for the vector of the latest discovered geminivirus genus, Capulavirus. [P.48]

Bernardo P., Deshoux M., Granier M., Ferdinand R., Galzi S., Fernandez E., Blanc S., Filloux D., Peterschmitt M., Roumagnac P.. 2015. In : CIRAD ; IRD. 15èmes Rencontres de Virologie Végétale, Aussois, France, 18-22 janvier 2015. s.l. : s.n., p. 106-106. Rencontres de virologie végétale. 15, 2015-01-18/2015-01-22, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Metagenomic discovery, worldwide distribution and genetic diversity of novel macluraviruses infecting yams (Dioscorea spp.). [P.28]

Filloux D., Bonheur L., Umber M., Pavis C., Fernandez E., Galzi S., Julian C., Daugrois J.H., Sukal A., Winter S., Teycheney P.Y., Candresse T., Roumagnac P.. 2015. In : CIRAD ; IRD. 15èmes Rencontres de Virologie Végétale, Aussois, France, 18-22 janvier 2015. s.l. : s.n., p. 86-86. Rencontres de virologie végétale. 15, 2015-01-18/2015-01-22, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Metagenomic screening of the sugarcane virome in Florida. [P.36]

Fernandez E., Filloux D., Comstock J.C., ElSayed A., Roumagnac P., Rott P.. 2015. In : CIRAD ; IRD. 15èmes Rencontres de Virologie Végétale, Aussois, France, 18-22 janvier 2015. s.l. : s.n., p. 94-94. Rencontres de virologie végétale. 15, 2015-01-18/2015-01-22, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Metagenomics-based detection of viruses infecting cowpea in Burkina-Faso. [P.30]

Palanga E., Fernandez E., Filloux D., Ferdinand R., Bouma Neya J., Sawadogo M., Traoré O., Peterschmitt M., Roumagnac P.. 2015. In : CIRAD ; IRD. 15èmes Rencontres de Virologie Végétale, Aussois, France, 18-22 janvier 2015. s.l. : s.n., p. 88-88. Rencontres de virologie végétale. 15, 2015-01-18/2015-01-22, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Molecular characterization of novel viral species of the families Closteroviridae and Secoviridae infecting yams. [P.07]

Teycheney P.Y., Gomez R.M., Lange D., Pavis C., Umber M., Acina I.N., Acina Manbole I.N., Bonheur L., Filloux D., Roumagnac P., Candresse T., Contreras S., Faure C., Marais A., Svanella-Dumas L., Theil S.. 2015. In : CIRAD ; IRD. 15èmes Rencontres de Virologie Végétale, Aussois, France, 18-22 janvier 2015. s.l. : s.n., p. 65-65. Rencontres de virologie végétale. 15, 2015-01-18/2015-01-22, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Viral treasure hunt in European outermost territories: how metagenomics boosts the discovery of novel viral species in tropical and sub-tropical crops germplasm. [O.18]

Teycheney P.Y., Bandou E., Gomez R.M., Lange D., Pavis C., Umber M., Acina I.N., Acina Manbole I.N., Bonheur L., Daugrois J.H., Fernandez E., Filloux D., Julian C., Roumagnac P., Grisoni M., Pierret A., Rubington M., Candresse T., Contreras S., Faure C., Marais A., Theil S., Da Câmara Machado A., Mendonça D., Pinheiro de Carvalho M.A.A., Silva E.. 2015. In : CIRAD ; IRD. 15èmes Rencontres de Virologie Végétale, Aussois, France, 18-22 janvier 2015. s.l. : s.n., p. 30-30. Rencontres de virologie végétale. 15, 2015-01-18/2015-01-22, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Worldwide genetic diversity of Sugarcane white streak virus. [P.43]

Fenouillet-Putaggio C., Putaggio C., Fenouillet C., Filloux D., Galzi S., Roumagnac P., Daugrois J.H.. 2015. In : CIRAD ; IRD. 15èmes Rencontres de Virologie Végétale, Aussois, France, 18-22 janvier 2015. s.l. : s.n., p. 101-101. Rencontres de virologie végétale. 15, 2015-01-18/2015-01-22, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Appearances can be deceptive: Revealing a hidden viral infection with deep sequencing in a plant quarantine Context

Candresse T., Filloux D., Muhire B., Julian C., Galzi S., Fort G., Bernardo P., Daugrois J.H., Fernandez E., Martin D.P., Varsani A., Roumagnac P.. 2014. PloS One, 9 (7) : 13 p..

DOI: 10.1371/journal.pone.0102945

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

First report of Acidovorax avenae subsp. avenae causing sugarcane red stripe in Gabon

Girard J.C., Noell J., Noëll J., Larbre F., Roumagnac P., Rott P.. 2014. Plant Disease, 98 (5) : p. 684-684.

DOI: 10.1094/PDIS-09-13-0914-PDN

Article (a-revue à facteur d'impact)

Molecular characterization of yam virus X, a new potexvirus infecting yams (Dioscorea spp) and evidence for the existence of at least three distinct potexviruses infecting yams

Acina Manbole I.N., Acina I.N., Bonheur L., Svanella-Dumas L., Filloux D., Gomez R.M., Faure C., Lange D., Anzala F., Pavis C., Marais A., Roumagnac P., Candresse T., Teycheney P.Y.. 2014. Archives of Virology, 159 (12) : p. 3421-3426.

DOI: 10.1007/s00705-014-2211-3

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Shifting the paradigm from pathogens to pathobiome: new concepts in the light of meta-omics

Vayssier-Taussat M., Albina E., Citti C., Cosson J.F., Jacques M.A., Lebrun M.H., Le Loir Y., Ogliastro M., Petit M.A., Roumagnac P., Candresse T.. 2014. Frontiers in Cellular and Infection Microbiology, 4 (29) : 7 p..

DOI: 10.3389/fcimb.2014.00029

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

The genome of African yam (Dioscorea cayenensis-rotundata complex) hosts endogenous sequences from four distinct badnavirus species

Umber M., Filloux D., Muller E., Laboureau N., Galzi S., Roumagnac P., Iskra M.L., Iskra Caruana M.L., Caruana M.L., Pavis C., Teycheney P.Y., Seal S.. 2014. Molecular Plant Pathology, 15 (8) : p. 790-801.

DOI: 10.1111/mpp.12137

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

A novel itera-like densovirus isolated by viral metagenomics from the sea barley Hordeum marinum

François S., Bernardo P., Filloux D., Roumagnac P., Yaverkovski N., Froissart R., Ogliastro M.. 2014. Genome Announcements, 2 (6) : 2 p..

DOI: 10.1128/genomeA.01196-14

Résumé

Article (b-revue à comité de lecture)

Visacane, the Cirad quarantine tool for the exchange of pest and disease-free sugarcane germplasm

Guinet I., Guinet-Brial I., Girard J.C., Roumagnac P., Daugrois J.H., Fernandez E., Rott P.. 2014. In : Yang-Rui Li, G.P. Rao, S. Solomon, Li-Tao Yang, Zhong Liu, Wei-Zhong He,. 5th IAPSIT International Sugar Conference (IS-2014) onThe Green Technologies for Sustainable growth of Sugar Industry in Developing Countries, November 25-28, 2014, Nanning, China. Naming : IAPSIT, p. 363-363. IAPSIT International Sugar Conference IS-2014. 5, 2014-11-25/2014-11-28, Nanning (Chine).

Résumé

Communication de congrès

First report of sugarcane leaf scald in Gabon caused by a highly virulent and aggressive strain of Xanthomonas albilineans

Mensi I., Girard J.C., Pieretti I., Larbre F., Roumagnac P., Royer-El Mhamdi M., El Mhamdi-Royer M., Royer - El Mhamdi M., El Mhamdi M., Royer M., Rott P.. 2013. Plant Disease, 97 (7) : p. 988-988.

DOI: 10.1094/PDIS-01-13-0044-PDN

Article (a-revue à facteur d'impact)

Identification and characterisation of a highly divergent geminivirus: Evolutionary and taxonomic implications

Bernardo P., Golden M., Akram M., Naimuddin, Nadarajan N., Fernandez E., Granier M., Rebelo A., Peterschmitt M., Martin D.P., Roumagnac P.. 2013. Virus Research, 177 (1) : p. 35-45.

DOI: 10.1016/j.virusres.2013.07.006

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Métagénomique virale et pathologie Une histoire récente

Bernardo P., Albina E., Eloit M., Eloit M., Roumagnac P.. 2013. MS - Médecine Sciences, 29 (5) : p. 501-508.

DOI: 10.1051/medsci/2013295013

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Assessment and characterization of the genetic diversity of viruses infecting cultivated yams (Dioscorea spp.) in Haïti

Galzi S., Scutt R., Prophète P., Roumagnac P., Filloux D.. 2013. In : Marais Armelle (ed.), Revers Frédéric (ed.). 14èmes Rencontres de virologie végétale (RVV 2013) : Aussois, France, 13-17 janvier 2013. Paris : SFP, p. 70-70. Rencontres de Virologie Végétale. 14, 2013-01-13/2013-01-17, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Cartographie des virus de l'igname en Haïti : risques pour la production et recommandations

Filloux D., Galzi S., Scutt R., Prophete E., Roumagnac P.. 2013. In : Conférence finale du projet DEVAG Réseau caribéen pour le développement de systèmes horticoles agroécologique. s.l. : s.n., 1 p.. Conférence finale du projet DEVAG, 2013-12-05, Schoelcher (Martinique).

Résumé

Communication de congrès

Characterization and diagnostic of Yam virus X (YVX) and Yam necrosis virus (YNV), two novel viruses infecting yams in Guadeloupe

Acina Manbole I.N., Acina I.N., Bonheur L., Anzala F., Gomez R.M., Lange D., Faure C., Marais A., Pavis C., Roumagnac P., Filloux D., Candresse T., Teycheney P.Y.. 2013. In : Marais Armelle (ed.), Revers Frédéric (ed.). 14èmes Rencontres de virologie végétale (RVV 2013) : Aussois, France, 13-17 janvier 2013. Paris : SFP, p. 57-57. Rencontres de Virologie Végétale. 14, 2013-01-13/2013-01-17, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Characterization of new endogenous geminiviral elements in yam (Dioscorea spp.) genomes

Filloux D., Koohapitagtam M., Golden M., Julian C., Galzi S., Rodier-Goud M., Rodier M., Goud M., D'Hont A., Vernerey M.S., Wilkin P., Peterschmitt M., Martin D.P., Roumagnac P.. 2013. In : Marais Armelle (ed.), Revers Frédéric (ed.). 14èmes Rencontres de virologie végétale (RVV 2013) : Aussois, France, 13-17 janvier 2013. Paris : SFP, p. 5-5. Rencontres de Virologie Végétale. 14, 2013-01-13/2013-01-17, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Characterization of novel, highly divergent geminiviruses and insights into the evolutionary history of geminiviruses

Bernardo P., Ortet P., Barakat M., Rebelo A., Cousins S., Fernandez E., Mesleard F., Peterschmitt M., Filloux D., Varsani A., Martin D.P., Roumagnac P.. 2013. In : 7th International Geminvirus Symposium and 5th International ssDNA Comparative Virology Workshop, Hangzhou, China, November 3-9, 2013. s.l. : s.n., 1 p.. International Geminvirus Symposium. 7, 2013-11-03/2013-11-09, Hangzhou (Chine).

Communication de congrès

Detection of Sugarcane yellow leaf virus by a novel reverse transcription loop-mediated isothermal amplification method from three sugarcane production regions in Kenya

Fernandez E., Amata R.L., Roumagnac P.. 2013. In : Marais Armelle (ed.), Revers Frédéric (ed.). 14èmes Rencontres de virologie végétale (RVV 2013) : Aussois, France, 13-17 janvier 2013. Paris : SFP, p. 71-71. Rencontres de Virologie Végétale. 14, 2013-01-13/2013-01-17, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Development of the loop mediated isothermal amplification (LAMP) method for detection of Cauliflower mosaic virus

Fernandez E., Ouvray C., Roumagnac P., Froissart R.. 2013. In : 1st International Conference Wild Plant Pathosystems (WPP 2013), Olomouc, République Tchèque, 2-5 July 2013. s.l. : s.n., 1 p.. International Conference Wild Plant Pathosystems, 2013-07-02/2013-07-05, Olomouc (Tchèque, République).

Communication de congrès

Diverse circular single-stranded DNA viruses discovered from research greenhouses and agro-ecosystems

Fort G., Bernardo P., Fernandez E., Galzi S., Filloux D., Roumagnac P.. 2013. In : Marais Armelle (ed.), Revers Frédéric (ed.). 14èmes Rencontres de virologie végétale (RVV 2013) : Aussois, France, 13-17 janvier 2013. Paris : SFP, p. 66-66. Rencontres de Virologie Végétale. 14, 2013-01-13/2013-01-17, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Geo-metagenomics: deciphering the spatial biodiversity of plant viruses associated with the unique fynbos ecosystem of Southern Africa and its neighbouring agro-ecosystem

Bernardo P., Ortet P., Barakat M., Rebelo A., Cousins S., Fernandez E., Peterschmitt M., Filloux D., Varsani A., Martin D.P., Roumagnac P.. 2013. In : EMBO Workshop Green Viruses, from Gene to Landscape, 7-11 September 2013, Hyères-les-Palmiers, France : programme and abstracts book. s.l. : s.n., p. 43-43. EMBO Workshop Green Viruses, from Gene to Landscape, 2013-09-07/2013-09-11, Hyères-les-Palmier (France).

Résumé

Communication de congrès

Geo-metagenomics: deciphering the spatial biodiversity of ssDNA viruses associated with Western Cape and Camargue agroecosystems

Bernardo P., Ortet P., Barakat M., Rebelo A., Cousins S., Fernandez E., Mesleard F., Peterschmitt M., Filloux D., Varsani A., Martin D.P., Roumagnac P.. 2013. In : 7th International Geminvirus Symposium and 5th International ssDNA Comparative Virology Workshop, Hangzhou, China, November 3-9, 2013. s.l. : s.n., 1 p.. International Geminvirus Symposium. 7, 2013-11-03/2013-11-09, Hangzhou (Chine).

Résumé

Communication de congrès

Improvement of three nucleic acid isolation protocols for an overall diagnosis of viruses on six vegetative propagated plants

Julian C., Bernardo P., Fernandez E., Galzi S., Grisoni M., Da Silva Mendoça D.M., Pavis C., Roumagnac P., Filloux D.. 2013. In : Marais Armelle (ed.), Revers Frédéric (ed.). 14èmes Rencontres de virologie végétale (RVV 2013) : Aussois, France, 13-17 janvier 2013. Paris : SFP, p. 75-75. Rencontres de Virologie Végétale. 14, 2013-01-13/2013-01-17, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Molecular characterization of Euphorbia caput-medusae stunt virus: Evidence for the existence of a new genus within the family Geminiviridae

Bernardo P., Fernandez E., Granier M., Golden M., Rebelo T.A., Peterschmitt M., Martin D.P., Roumagnac P.. 2013. In : Marais Armelle (ed.), Revers Frédéric (ed.). 14èmes Rencontres de virologie végétale (RVV 2013) : Aussois, France, 13-17 janvier 2013. Paris : SFP, p. 9-9. Rencontres de Virologie Végétale. 14, 2013-01-13/2013-01-17, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

New insights into the evolutionary history of geminiviruses derived through the discovery of divergent viruses isolated from wild plants

Bernardo P., Golden M., Mohd A., Fernandez E., Granier M., Rebelo A.G., Peterschmitt M., Martin D.P., Roumagnac P.. 2013. In : 1st International Conference Wild Plant Pathosystems (WPP 2013), Olomouc, République Tchèque, 2-5 July 2013. s.l. : s.n., 1 p.. International Conference Wild Plant Pathosystems, 2013-07-02/2013-07-05, Olomouc (Tchèque, République).

Résumé

Communication de congrès

Pathology and viral metagenomics, a recent history

Bernardo P., Fernandez E., Filloux D., Albina E., Eloit M., Eloit M., Roumagnac P.. 2013. In : Marais Armelle (ed.), Revers Frédéric (ed.). 14èmes Rencontres de virologie végétale (RVV 2013) : Aussois, France, 13-17 janvier 2013. Paris : SFP, p. 20-20. Rencontres de Virologie Végétale. 14, 2013-01-13/2013-01-17, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

The Guadeloupe Biological Resources Centre and its role in viral diagnostic and sanitation

Pavis C., Gamiette F., Umber M., Petro D., Roques-Rogery D., Roques D., Boisseau M., Nuissier F., Candresse T., Roumagnac P., Teycheney P.Y.. 2013. In : First Global Conference on Yam "to harness research innocations to unleash the potential of yam". Program and book of abstracts. Ibadan : IITA, p. 76. First Global Conference on Yam, 2013-10-03/2013-10-06, Accra (Ghana).

Résumé

Communication de congrès

Towards a better characterization of endogenous badnavirus sequences of yams (Dioscorea spp.)

Umber M., Laboureau N., Muller E., Roumagnac P., Caruana M.L., Iskra M.L., Iskra Caruana M.L., Pavis C., Teycheney P.Y., Filloux D.. 2013. In : Marais Armelle (ed.), Revers Frédéric (ed.). 14èmes Rencontres de virologie végétale (RVV 2013) : Aussois, France, 13-17 janvier 2013. Paris : SFP, p. 99-99. Rencontres de Virologie Végétale. 14, 2013-01-13/2013-01-17, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Visacane: an innovative quarantine tool for the exchange of pest and disease-free sugarcane germplasm

Guinet I., Guinet-Brial I., Girard J.C., Roumagnac P., Daugrois J.H., Fernandez E., Rott P.. 2013. In : Brazilian Society of Sugar and Ethanol Technologists (STAB) ; XXVIIIth ISSCT Organising Committee. Proceedings of the XXVIII ISSCT (International Society of Sugar Cane Technologists) Congress, São Paulo, Brazil 2013 june 24-27. s.l. : D.M. HOGARTH, p. 190-190. ISSCT Congress. 28, 2013-06-24/2013-06-27, São Paulo (Brésil).

Résumé

Communication de congrès

Genetic diversity of sugarcane yellow leaf virus in a sugarcane selection plot in Guadeloupe (FWI)

Girard J.C., Fernandez E., Daugrois J.H., Roques D., Roques-Rogery D., Roumagnac P., Rott P.. 2012. International Sugar Journal, 114 (1358) : p. 104-108. ISSCT Congress. 27, 2010-03-07/2010-03-11, Veracruz (Mexique).

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Reversible oxygen-tolerant hydrogenase carried by free-living N2-fixing bacteria isolated from the rhizospheres of rice, maize, and wheat

Roumagnac P., Richaud P., Barakat M., Ortet P., Roncato M.A., Heulin T., Peltier G., Achouak W., Cournac L.. 2012. MicrobiologyOpen, 1 (4) : p. 349-361.

DOI: 10.1002/mbo3.37

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Development of the loop mediated isothermal amplification (LAMP) method for detection of Sugarcane yellow leaf virus

Fernandez E., Amata R.L., Rott P., Roumagnac P.. 2012. In : 10th Pathology Workshop. Understanding sugar cane diseases for their efficient management, 07-11 May 2012, Nanning, China. s.l. : s.n., p. 60-60. ISSCT Pathology Workshop. 10, 2012-05-07/2012-05-11, Nanning (Chine).

Résumé

Communication de congrès

Yam virus X (YVX) et Yam necrosis virus (YNV), deux nouveaux virus des genres Potexvirus et Sadwavirus infectant les ignames en Guadeloupe

Acina I.N., Acina Manbole I.N., Bonheur L., Anzala F., Gomez R.M., Lange D., Faure C., Filloux D., Roumagnac P., Marais A., Candresse T., Pavis C., Teycheney P.Y.. 2012. In : Attard Agnès (ed.), Barny Marie-Anne (ed.), Brisset Marie-Noelle (ed.), Cilas Christian (ed.), Dellagi Alia (ed.), Desprez-Loustau Marie-Laure (ed.), Expert Dominique (ed.), Fabre Frédéric (ed.), Fagard Mathilde (ed.), Fudal Isabelle (ed.), Genin Stéphane. 8e colloque de la Société Française de Phytopathologie, 5 au 8 juin 2012,Paris, France : Livre des résumés. Paris : SFP, p. 73-73. Congrès de la Société française de phytopathologie. 8, 2012-06-05/2012-05-08, Paris (France).

Résumé

Communication de congrès

Phylogeography and molecular epidemiology of yersinia pestis in Madagascar

Vogler A.J., Chan F., Wagner D.M., Roumagnac P., Lee J., Nera R., Eppinger M., Ravel J., Rahalison L., Rasoamanana B.W., Beckstrom-Sternberg S.M., Achtman M., Chanteau S., Keim P.. 2011. PLoS Neglected Tropical Diseases, 5 (9) : 11 p..

DOI: 10.1371/journal.pntd.0001319

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Recombination in Eukaryotic single stranded DNA viruses

Martin D.P., Biagini P., Lefeuvre P., Golden M., Roumagnac P., Varsani A.. 2011. Viruses, 3 (9) : p. 1699-1738.

DOI: 10.3390/v3091699

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Salmonella enterica serotype typhi with nonclassical quinolone resistance phenotype

Accou-Demartin M., Gaborieau V., Song Y., Roumagnac P., Marchou B., Achtman M., Weill F.X.. 2011. Emerging Infectious Diseases, 17 (6) : p. 1091-1094.

DOI: 10.3201/eid1706.101242

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

A new genus-level geminivirus lineage isolated from the South African fynbos

Bernardo P., Fernandez E., Granier M., Goudou Sinha C., Urbino C., Peterschmitt M., Martin D.P., Roumagnac P.. 2011. In : 4th Plant Virus Ecology Network Workshop (PVEN), Montpellier, France, May 30 to June 1, 2011. s.l. : s.n., 1 p.. Plant Virus Ecology Network Workshop. 4, 2011-05-30/2011-06-01, Montpellier (France).

Communication de congrès

Exploration sans a priori de la biodiversité phytovirale de l'igname (Dioscorea spp.) en serre de quarantaine

Filloux D., Galzi S., Fernandez E., Roumagnac P.. 2011. In : SFP. 13èmes Rencontres de virologie végétale (RVV 2011), Aussois, France, 16-20 janvier 2011. s.l. : s.n., 1 p.. Rencontres de virologie végétale. 13, 2011-01-16/2011-01-20, Aussois (France).

Communication de congrès

Géo-métagénomique. Déchiffrer la biodiversité spatiale des phytovirus associés à des agro-écosystèmes tropicaux et méditerranéens

Fernandez E., Galzi S., Filloux D., Girard J.C., Martin D.P., Roumagnac P.. 2011. In : SFP. 13èmes Rencontres de virologie végétale (RVV 2011), Aussois, France, 16-20 janvier 2011. s.l. : s.n., 1 p.. Rencontres de virologie végétale. 13, 2011-01-16/2011-01-20, Aussois (France).

Communication de congrès

Molecular characterization of Secoviridae and Potexvirus infecting yams (Dioscorea spp)

Anzala F., Filloux D., Gomez R.M., Roumagnac P., Pavis C., Teycheney P.Y.. 2011. In : 15th International Congress of Virology, 11-16 September 2011, Sapporo, Japon : International Union of Microbiological Societies 2011 Congress (IUMS 2011), 6-16 September, Sapporo, Japon. s.l. : s.n., 1 p.. International Congress of Virology. 15, 2011-09-11/2011-09-16, Sapporo (Japon).

Résumé

Communication de congrès

Visacane, an innovative quarantine tool for the exchange of pest and disease-free sugarcane germplasm

Girard J.C., Guinet I., Guinet-Brial I., Roumagnac P., Fernandez E., Rott P.. 2011. In : 10th Germplasm and Breeding, and 7th Molecular Biology Workshop, Maceió, Brazil, 15-20 May 2011 : Breaking breeding and biotechnology paradigms - towards a complementary approach in sugar cane research. Abstract. Réduit : ISSCT, p. 27-27. ISSCT Germplasm and Breeding Workshop. 10, 2011-05-15/2011-05-20, Maceio (Brésil).

Résumé

Communication de congrès

A multiplex single nucleotide polymorphism typing assay for detecting mutations that result in decreased fluoroquinolone susceptibility in Salmonella enterica serovars Typhi and Paratyphi A

Song Y., Roumagnac P., Weill F.X., Wain J., Dolecek C., Mazzoni C.J., Holt K.E., Achtman M.. 2010. Journal of Antimicrobial Chemotherapy, 65 (8) : p. 1631-1641.

DOI: 10.1093/jac/dkq175

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Evolution and population structure of Salmonella enterica serovar Newport

Sangal V., Harbottle H., Mazzoni C.J., Helmuth R., Guerra B., Didelot X., Paglietti B., Rabsch W., Brisse S., Weill F.X., Roumagnac P., Achtman M.. 2010. Journal of Bacteriology, 192 (24) : p. 6465-6476.

DOI: 10.1128/JB.00969-10

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Yersinia pestis genome sequencing identifies patterns of global phylogenetic diversity

Morelli G., Song Y., Mazzoni C.J., Eppinger M., Roumagnac P., Wagner D.M., Feldkamp M., Kusecek B., Vogler A.J., Li Y., Cui Y., Thomson N.R., Jombart T., Leblois R., Lichtner P., Rahalison L., Petersen J.M., Balloux F., Keim P., Wirth T., Ravel J., Yang R., Carniel E., Achtman M.. 2010. Nature Genetics, 42 (12) : p. 1140-1143.

DOI: 10.1038/ng.705

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Le dépérissement bactérien des Alliacées : émergence d'une phytobactériose

Roumagnac P., Robène I., Robene I., Robène-Soustrade I., Soustrade I., Humeau L., Gagnevin L., Chiroleu F., Jeuffrault E., Pruvost O.. 2010. In : Barnouin Jacques (ed.), Sache Ivan (ed.). Les maladies émergentes : épidémiologie chez le végétal, l'animal et l'homme. Versailles : Ed. Quae, p. 211-220. (Synthèses).

Chapitre d'ouvrage

Genetic diverstiy of Sugarcane yellow leaf virus in a sugarcane selection plot in Guadeloupe (FWI)

Girard J.C., Fernandez E., Daugrois J.H., Roques-Rogery D., Roques D., Roumagnac P., Rott P.. 2010. In : ISSCT. ISSCT 2010: 27th Congress of the International Society of Sugar Cane Technologists Congres, Veracruz, Mexique, 7-11 mars 2010. s.l. : s.n., 9 p.. ISSCT Congress. 27, 2010-03-07/2010-03-11, Veracruz (Mexique).

Résumé

Communication de congrès

Metagenomics and quarantine: searching for the unknown

Roumagnac P., Fernandez E.. 2010. In : 3rd Plant Virus Ecology Network (PVEN) Workshop, Ithaca, USA, June 20-24, 2010. s.l. : s.n., 1 p.. Plant Virus Ecology Network Workshop. 3, 2010-06-20/2010-06-24, Ithaca (Etats-Unis).

Communication de congrès

Deciphering the Plant Viral Diversity: a stepwise project: from a quarantine station to an African Agro-ecosystem

Roumagnac P.. 2009. In : 2nd Workshop of the Plant Virus Ecology Network (PVEN), Ca' Tron di Roncade , Italy, 21 to 23 April 2009. s.l. : s.n., (10 vues). Plant Virus Ecology Network Workshop. 2, 2009-04-21/2009-04-23, Ca' Tron di Roncade (Italie).

Communication de congrès

Metagenomics and quarantine: searching for the unknown

Roumagnac P., Fernandez E.. 2009. In : Jacques Monod. Understanding emergence of infectious diseases: focus on New Experimental and Theoretical Approaches to Virus Evolution = Maladies infectieuses émergentes : focus sur les nouvelles approches expérimentales et théoriques de l'évolution virale. s.l. : s.n., 1 p.. Jacques Monod Conférences, 2009-09-26/2009-09-30, Roscoff (France).

Communication de congrès

Frequent emergence and limited geographic dispersal of methicillin-resistant Staphylococcus aureus

Nübel U., Roumagnac P., Feldkamp M., Song J.H., Ko K.S., Huang Y.C., Coombs G., Ip M., Westh H., Skov R., Struelens M.J., Goering R.V., Strommenger B., Weller A., Witte W., Achtman M.. 2008. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 105 (37) : p. 14130-14135.

DOI: 10.1073/pnas.0804178105

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

High-Throughput Genotyping of Salmonella enteric Serovar Typhi allowing geographical assignment of Haplotypes and Pathotypes within an urban district of Jakarta, Indonesia

Baker S., Holt K.E., Van de Vosse E., Roumagnac P., Whitehead S., King E., Ewels P., Keniry A., Weill F.X., Lightfoot D., Van Dissel J.T., Sanderson K.E., Farrar J.J., Achtman M., Deloukas P., Dougan G.. 2008. Journal of Clinical Microbiology, 46 (5) : p. 1741-1746.

DOI: 10.1128/JCM.02249-07

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

High-throughput sequencing provides insights into genome variation and evolution in Salmonella Typhi

Holt K.E., Parkhill J., Mazzoni C.J., Roumagnac P., Weill F.X., Goodhead I., Rance R., Baker S., Maskell D.J., Wain J., Dolecek C., Achtman M., Dougan G.. 2008. Nature Genetics, 40 (8) : p. 987-993.

DOI: 10.1038/ng.195

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Polyphasic characterization of Xanthomonas axonopodis pv. allii associated with outbreaks of bacterial blight on three allium species in the Mascarene Archipelago

Picard Y., Roumagnac P., Legrand D., Humeau L., Soustrade I., Robène I., Robène-Soustrade I., Robene I., Chiroleu F., Gagnevin L., Pruvost O.. 2008. Phytopathology, 98 (8) : p. 919-925.

DOI: 10.1094/PHYTO-98-8-0919

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Insights into structure and evolution of bacterial species that are revealed by molecular methods

Roumagnac P., Gagnevin L., Pruvost O., Achtman M.. 2007. In : Tibayrenc Michel (ed.). Encyclopedia of infectious diseases : modern methodologies. Hoboken : Wiley-Blackwell, p. 473-493.

Résumé

Chapitre d'ouvrage

Quantitative and molecular epidemiology of bacterial blight of onion in seed production fields

Humeau L., Roumagnac P., Picard Y., Soustrade I., Robène I., Robene I., Robène-Soustrade I., Chiroleu F., Gagnevin L., Pruvost O.. 2006. Phytopathology, 92 (12) : p. 1345-1354.

DOI: 10.1094/PHYTO-96-1345

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

New media for the semiselective isolation and enumeration of Xanthomonas campestris pv. mangiferaeindicae, the causal agent of mango bacterial black spot

Pruvost O., Roumagnac P., Gaube C., Chiroleu F., Gagnevin L.. 2005. Journal of Applied Microbiology, 99 (4) : p. 803-815.

DOI: 10.1111/j.1365-2672.2005.02681.x

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Spatial and temporal analysis of onion bacterial blight in seed production fields

Humeau L., Roumagnac P., Robène I., Soustrade I., Robene I., Robène-Soustrade I., Laurent A., Couteau A., Chiroleu F., Hughes G., Pruvost O.. 2005. In : 9th International Workshop on Plant disease epidemiology, Landerneau, France, 11-15 April 2005. s.l. : s.n., 1 p.. International Workshop on Plant Disease Epidemiology. 9, 2005-04-11/2005-04-15, Landerneau (France).

Résumé

Communication de congrès

Polyphasic characterization of xanthomonads isolated from onion, garlic and Welsh onion (Allium spp.) and their relatedness to different Xanthomonas species

Roumagnac P., Gagnevin L., Gardan L., Sutra L., Manceau C., Dickstein E.R., Jones J.B., Rott P., Pruvost O.. 2004. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 54 : p. 15-24.

DOI: 10.1099/ijs.0.02714-0

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Spatial and temporal analyses of bacterial blight of onion caused by Xanthomonas axonopodis pv. allii

Roumagnac P., Pruvost O., Chiroleu F., Hughes G.. 2004. Phytopathology, 94 (2) : p. 138-146.

DOI: 10.1094/PHYTO.2004.94.2.138

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Une maladie émergente de l'oignon à la Réunion : le dépérissement bactérien causé par Xanthomonas axonopodis pv. allii

Humeau L., Roumagnac P., Robène-Soustrade I., Robène I., Robene I., Soustrade I., Gagnevin L., Degas J., Jeuffrault E., Pruvost O.. 2004. Phytoma-La Défense des Végétaux (573) : p. 28-30.

Résumé

Article (b-revue à comité de lecture)

Caractérisation polyphasique des Xanthomonas isolé d'oignon, d'ail et de ciboule

Roumagnac P., Gagnevin L., Gardan L., Sutra L., Manceau C., Rott P., Pruvost O.. 2004. In : 6ème Rencontres plantes-bactéries, 11-15 janvier 2004, Aussois. s.l. : s.n., p. 74-74. Rencontres plantes-bactéries. 6, 2004-01-11/2004-01-15, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Protection des plantes - Epidémiologie des maladies bactériennes et virales

Costet L., Pruvost O., Gagnevin L., Laurent P., Jouen E., Humeau L., Roumagnac P., Soustrade I., Robene I., Robène I., Robène-Soustrade I., Elbaz M., Luisetti J., Delatte H., Lett J.M., Laurent P.. 2004. In : De Taffin Gabriel (ed.). Rapport annuel 2003 CIRAD Réunion. Saint-Denis : CIRAD, p. 52-58.

Chapitre de rapport

Protection des plantes - Epidémiologie des maladies bactériennes et virales

Gagnevin L., Humeau L., Roumagnac P., Robène I., Soustrade I., Robène-Soustrade I., Robene I., Pruvost O., Delatte H., Reynaud B., Lett J.M., Costet L., Pompon J.. 2004. In : De Taffin Gabriel (ed.). Rapport annuel 2004 CIRAD Réunion. Saint-Denis : CIRAD, p. 56-62.

Chapitre de rapport

Le dépérissement bactérien des Alliacées : la biologie moléculaire est-elle un outil performant dans la stratégie de lutte ?

Roumagnac P., Pruvost O., Gagnevin L.. 2003. In : Kahane Rémi (ed.). Productions maraîchères et horticoles : sessions lutte intégrée et agronomie. Montpellier : CIRAD-FLHOR, 1 Cd-Rom. Journées annuelles du FLHOR, 2002-08-26/2002-08-27, Montpellier (France).

Résumé

Communication de congrès

Onion bacterial blight: new data on an emerging disease

Roumagnac P., Gagnevin L., Hughes G., Pruvost O.. 2003. In : ISPP. Solving problems in the real world : ICPP 2003, 8th International Congress of Plant Pathology, 2-7 February 2003, Christchurch, New-Zealand. s.l. : s.n., 9 p.. International Congress of Plant Pathology. 8, 2003-02-02/2003-02-07, Christchurch (Nouvelle-Zélande).

Communication de congrès

Taxonomie et diversité du Xanthomonas responsable du dépérissement bactérien de l'oignon : études épidémiologiques du rôle des semences dans la transmission de la bactérie

Roumagnac P.. 2003. Paris : INA-PG, 113 p.. Thèse de docteur-ingénieur -- Sciences de la vie.

Résumé

Thèse

Protection des plantes. Epidémiologie des maladies bactériennes et virales

Pruvost O., Gagnevin L., Laurent P., Soustrade I., Robène I., Robène-Soustrade I., Robene I., Roumagnac P., Luisetti J., Rassaby L., Reynaud B., Delatte H.. 2003. In : De Taffin Gabriel (ed.). Rapport annuel 2002 CIRAD Réunion. Saint-Denis : CIRAD, p. 52-58.

Chapitre de rapport

Etude de la diversité génétique existant au sein d'une collection de souches de Xanthomonas sp. pathogènes de l'oignon par AFLP et PFLP

Roumagnac P., Gagnevin L., Sellos S., Brin C., Manceau C., Pruvost O.. 2002. In : Rencontres de bactériologie, Aussois, France, 13-17 janvier 2002. s.l. : s.n., 1 p.. Rencontres de bactériologie. 5, 2002-01-13/2002-01-17, Aussois (France).

Résumé

Communication de congrès

Protection des plantes. Epidémiologie des maladies bactériennes et virales

Costet L., Gagnevin L., Pruvost O., Laurent P., Soustrade I., Robène I., Robene I., Robène-Soustrade I., Roumagnac P., Luisetti J., Rassaby L., Leclercq Le Quillec F., Le Quillec F., Reynaud B.. 2002. In : Trébel Michel (ed.). Rapport annuel 2001 CIRAD Réunion. Saint-Denis : CIRAD, p. 56-61.

Chapitre de rapport

Protection des plantes. Epidémiologie des maladies bactériennes et virales

Notaise J., Gagnevin L., Luisetti J., Poussier S., Roumagnac P., Pruvost O., Soustrade I., Robene I., Robène-Soustrade I., Robène I., Rassaby L., Le Quillec F., Leclercq Le Quillec F., Reynaud B., Peterschmitt M.. 2001. In : Trébel Michel (ed.). Rapport annuel 2000 CIRAD Réunion. Saint-Denis : CIRAD, p. 56-62.

Chapitre de rapport

Detection of Xanthomonas sp., the causal agent of onion bacterial blight, in onion seeds using a newly developed semi-selective isolation medium

Roumagnac P., Gagnevin L., Pruvost O.. 2000. European Journal of Plant Pathology, 106 (9) : p. 867-877.

DOI: 10.1023/A:1008743120242

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Protection des plantes. Epidémiologie des maladies virales et bactériennes

Luisetti J., Poussier S., Fock I., Roumagnac P., Gagnevin L., Notaise J., Robene I., Soustrade I., Robène-Soustrade I., Robène I., Pruvost O., Rassaby L., Leclerc F., Reynaud B., Peterschmitt M.. 2000. Magazine CIRAD Réunion (17) : p. 50-55.

Article (c-revue sans comité de lecture)

Protection des plantes

Reynaud B., Luisetti J., Poussier S., Roumagnac P., Pruvost O., Gagnevin L., Girard J.C., Rassaby L., Leclercq Le Quillec F., Le Quillec F., Goebel F.R., Vayssières J.F., Quilici S., Brévault T., Hurtrel B.. 1999. Magazine CIRAD Réunion (14) : p. 47-54.

Article (c-revue sans comité de lecture)

Protection des plantes. Biologie des ennemis des cultures et protection des plantes

Reynaud B., Girard J.C., Goebel F.R., Grisoni M., Luisetti J., Pruvost O., Quilici S., Roumagnac P., Vayssières J.F.. 1998. Magazine CIRAD Réunion (11) : p. 44-50.

Article (c-revue sans comité de lecture)

Protection des plantes. Inventaires des ennemis des cultures et protection des plantes

Gagnevin L., Girard J.C., Goebel F.R., Grisoni M., Luisetti J., Pruvost O., Quilici S., Roumagnac P., Vayssières J.F.. 1997. Magazine CIRAD Réunion (7) : p. 48-54.

Article (c-revue sans comité de lecture)

Identification d'une bactérie du genre Xanthomonas pathogène de l'oignon à l'île de la Réunion

Roumagnac P., Jeuffrault E., Pruvost O., Cheron J.J., Girard J.C.. 1997. In : Cinquième conférence internationale sur les maladies des plantes. Paris : ANPP, p. 673-680. (ANPP annales). Conférence internationale sur les maladies des plantes. 5, 1997-12-03/1997-12-05, Tours (France).

Résumé

Communication de congrès