Les progammes d'amélioration du cacaoyer sont basés le plus souvent sur la création d'hybrides entre clones d'origine géographique différente et la sélection des meilleures combinaisons sur la valeur moyenne des descendances. Ce schéma qui exploite la variabilité naturelle du cacaoyer présente des limites: il ne garantit pas un progrès génétique continu et ne permet pas d'exploiter la variabilité intrahybride souvent importante due au niveau d'hétérozygotie élevé des parents. En Côte d1voire, une sélection phénotypique d'individus a été réalisée dans un essai d'hybrides. Ces arbres sélectionnés ont été multipliés par boutures pour être confirmés dans un essai comparatif clonal mis en place en 1986. Les analyses portent sur l'évaluation de ces clones pour la production, la vigueur et la résistance à la pourriture brune. L'homogénéité intraclonale et la comparaison des performances avec celles des pieds mère sont présentés. L'efficacité de la sélection d'arbres individuels pour la productivité et la résistance à la pourriture brune est discutée. Aujourd'hui une sélection plus précise basée sur L'estimation de la valeur génétique individuelle est appliquée en Côte d'Ivoire sur un grand nombre de descendances hybrides. Elle permet grâce à un index, de prévoir les gains génétiques obtenus pour plusieurs caractères à la fois. La sélection de clones au sein des familles hybrides devrait apporter une amélioration rapide de certains caractères en particulier du niveau de résistance aux maladies. Les génotypes ainsi sélectionnés seront utilisés soit directement comme clones, soit comme nouveaux géniteurs dans le programme de sélection récurrente.