La recherche cotonnière et la recherche-système ont évolué au cours des décennies permettant de mieux prendre en compte le fonctionnement des exploitations agricoles et l'environnement de la production. Mais de nouveaux enjeux apparaissent. La globalisation de l'économie (privatisation, libéralisation) influe de plus en plus sur le comportement des paysans. Les préoccupations environnementales prennent une importance croissante. La différenciation entre les régions et les exploitations augmentent. De nouveaux acteurs (firmes privées, Opa, Ong) contribuent à une redistribution des rôles dans le processus de recherche. Dans ce contexte, il est nécessaire de proposer aux producteurs des modes de conduite de la culture cotonnière adaptées à la diversité des situations (parcelle, exploitation, zone). Pour mettre au point et diffuser ces nouveaux messages, plus complexes, il est nécessaire de construire un enjeu commun de recherche avec l'ensemble des acteurs de la filière, et notamment les Opa, en faisant appel aux méthodologies de recherche-action, de considérer comme objet de recherche la diffusion des techniques et des savoirs dans la société rurale et donc de mettre au point des méthodes et des outils de conseil agricole.