Au cours de la fermentation naturelle de Coffea arabica L., les bactéries lactiques et levures se développent le plus. Les souches majoritaires (Klebsiella, Erwinia, Leuconostoc, Cryptococcus et Candida) métabolisent environ 45%/MS des sucres simples. Les faibles rendements de conversion des sucres en lactate suggèrent la superposition de plusieurs métabolismes (fermentations hétérolactique, alcoolique, respiration, ... ). La flore " pectinolytique " est constante. Les souches isolées (Erwinia herbicola et Klebsiella pneumoniae) produisent des pectatelyases à activité nulle au pH de la fermentation. Seul Laclobacillus brevis 166, isolé à fréquence faible, produit une polygalacturonase compatible avec les conditions fermentaires. Avant et après fermentation, le tissu mucilagineux a des parois cellulaires de composition similaire. Les pectines sont faiblement hydrolysées mais l'acidification du milieu fermentaire déstabiliserait le réseau polysaccharidique de la paroi par perte de calcium. Les lysines et cystéines des protéines pariétales semblent impliquées dans des additions covalentes sur des acides phénols oxydés. La fluidification du tissu semble due à des modifications physicochimiques et non enzymatiques. Les technologies moins polluantes donnent une fermentation rapide par une microflore homogène dont l'arrêt peut être décidé en utilisant le pH comme traceur. Le contrôle microbiologique par des souches pectinolytiques est envisageable pour standardiser la microflore et peut-être améliorer la qualité organoleptique du produit fini.