Les plantes tropicales font l'objet d'échanges commerciaux intenses et jouent un rôle essentiel dans l'économie des pays en développement. Néanmoins, le riz excepté, elles ont été peu sélectionnées. La puissance des nouveaux outils génétiques, leur implication, leur vulgarisation ouvrent un vaste champ d'application pour l'étude de génomes complexes ou peu connus. L'évaluation de la diversité génétique par RFLP, RAPD, PCR ciblée, microsatellites, AFLP, séquençage permet : d'identifier ou de contrôler les clones d'hévéas, de retrouver l'origine des bananiers, de comprendre l'évolution des caféiers, de contrôler certains caractères par cartographie, de sélectionner des plantes résistantes aux maladies ou présentant des qualités particulières (sorgho). L'apomixie permet de multiplier à grande échelle des combinaisons hybrides avantageuses