Les alternatives à la lutte chimique impliquent des méthodes culturales, les caractères variétaux de tolérance aux ravageurs, les auxiliaires entomophages, les agents entomopathogènes et les médiateurs chimiques. L'utilisation conjointe de ces facteurs de régulation est un exemple de lutte intégrée pour la protection phytosanitaire du cotonnier. Le bilan des alternatives à la lutte chimique est encore peu exploitable. Des solutions apparaissent pour le contrôle de certains groupes de ravageurs : pilosité à l'encontre des jassides, entomophages et entomopathogènes limitant les populations déprédatrices d'homoptères, création de variétés transformées pour le contrôle des chenilles carpophages. Mais les dégâts restent importants en l'absence de lutte chimique. Le CIRAD développe avec ses partenaires, notamment en Afrique, les nouveaux programmes de protection, intégrant ces possibilités