Les échanges et les transports de la canne à sucre sous forme de boutures peuvent présenter des risques phytosanitaires graves qu'il convient de contrôler. Dans les années 70, à Montpellier, le Cirad a mis en place une unité de quarantaine. Elle est constituée de deux serres d'observation et de multiplication qui sont associées à un laboratoire de phytopathologie. Ce dernier permet la détection des maladies de la canne à sucre grâce à des outils de diagnostic performants. Les clones distribués par cette quarantaine proviennent de différentes sources (variétés internationales, clones en cours de sélection produits par le Cirad en Guadeloupe et par la West Indies Central Sugar Cane Breeding Station à Barbade). Le matériel végétal est suivi et traité (traitements antifongiques et insecticides, thermothérapie) pendant deux cycles de culture. Après deux ans de quarantaine à Montpellier, des boutures saines sont fournies principalement aux périmètres sucriers d'Afrique de l'Ouest et du Centre aux stations de création variétale de la canne à sucre des Antilles (Guadeloupe) et de l'île de La Réunion.