La construction de la carte du génome du cacaoyer a débuté en 1995. Le développement de cartes de liaisons saturées avec des marqueurs situés à de faibles intervalles le long du génome est particulièrement intéressant pour améliorer la stratégie de sélection des plantes pérennes.La construction de ces cartes pour localiser les loci qui affectent les caractères agronomiques intéressants nécessitent la production d'un grand nombre de marqueurs ADN polymorphiques. Dans ce travail, 357 loci ont été attribués à des groupes de liaison correspondant à 10 chromosomes gamétiques de Theobroma cacao. Ces loci correspondent entre autre à 5 isoenzymes, 58 RFLPs génomiques, 103 cADN RFLPs, 30 RAPDs, 137 ALFPs. La longueur de la carte est de 872,7cM, les groupes de liaison varient entre 67,2cM et 113cM. La distance moyenne entre marqueurs est de 2,44cM