Le transfert de gènes codant pour des protéines entomopathogènes permet la création de variétés de riz et de cotonnier résistant à certains insectes ravageurs. Le premier axe développé est l'utilisation de gènes codant pour des toxines "insecticides" de la bactérie Bacillus thuringiensis. Les premières obtentions de cotonniers transformés datent de 1987, à partir de la transformation via Agrobacterium tumefaciens et de la régénération par embryogenèse somatique. Quelques lignées ont confirmé au champ des propriétés insecticides. Le CIRAD, en collaboration avec l'INRA, conduit des recherches sur la transformation du cotonnier pour la résistance à Heliothis armigera et à Spodoptera littoralis. Des cotonniers transgéniques ayant intégré un gène de B.t. ou exprimant un gène d'inhibiteur de protéase ont été obtenus et ont produit des graines. Plus de quatre ans après les premières obtentions de dicotylédones transgéniques, des riz transgéniques ont été produits. L'application au transfert de résistance aux foreurs de tiges pour les riz méditerranéens et tropicaux est engagée par le CIRAD. La méthode de transfert utilise la transformation des protoplastes.