Des cartes saturées en liaisons génétiques ont été établies à l'aide d'isoenzymes et de marqueurs moléculaires (RAPD, RFLP, AFLP et microsatellites) pour différentes descendances de Theobroma cacao localisées en Côte d'Ivoire, au Cameroun, à la Trinité-et-Tobago et en France, afin d'identifier les régions du génome impliquées dans la résistance au Phytophthora. Les caractères de résistance au Phytophthora (P. palmivora, P. capsici et P. megakarya) ont été évalués de différentes façons : en champ par le pourcentage de cabosses infectées, à l'aide de tests d'inoculation artificielle sur feuilles et cabosses, et par l'analyse des pertes de rendement au cours de plusieurs années. Quelques QTL ont pu être identifiés ce qui permet de prévoir une utilisation de ces techniques pour une sélection assistée