On recense dans les collections conservées à travers le monde plus de 300 variétés locales de cocotier, identifiées d'après leur provenance geographique et la morphologie de la plante et du fruit. Différentes méthodes ont été employées pour caractériser les cultivars et étudier les relations entre les populations. L'évaluation des caractères morphologiques et agronomiques a une efficacité limitée du fait de l'influence de l'environnement. Les marqueurs enzymatiques révèlent un faible polymorphisme et apportent peu d'informations. Les polyphénols ont fourni des résultats prometteurs mais peu reproductibles d'un environnement à l'autre. Les marqueurs moléculaires font l'objet de recherches actives selon différentes méthodes : ISTR, AFLP, RFLP et microsatellites. Les analyses moléculaires présentées sont en accord avec les résultats des études réalisées précédemment. Les principales différences tiennent à la meilleure reproductibilité des résultats et à l'indépendance du polymorphisme des RFLP à l'égard de l'environnement, ce qui se traduit par une plus grande précision dans l'étude des relations génétiques entre populations. De plus les marqueurs moléculaires fournissent dans certains cas des indices précis sur l'histoire du matériel végétal, ce qui peut être utile pour rechercher de nouvelles sources de caractères particuliers