L'espèce cultivée asiatique, Oryza sativa, a une structure génétique tout à fait particulière, objet des travaux décrits dans ce chapitre. Sa domestication, à partir de l'espèce O. rufipogon, est très ancienne. Deux sous-espèces ont été identifiées, indica et japonica à partir des caractères morphologiques et physiologiques et du comportement en croisement. Les marqueurs moléculaires apportent beaucoup à la compréhension de la diversité génétique du riz. Les isoenzymes, malgré le nombre limité de locus et d'allèles accessibles, ont fourni les premiers éléments de quantification de la différenciation intravariétale. La classification établie sur la base des isoenzymes concorde globalement avec des classifications locales, empiriques, ainsi qu'avec les classifications synthètiques, établies sur des critères multiples associant composantes morphologiques et physiologiques. Des études fondées sur plusieurs types de marqueurs moléculaires, ont permis de construire différentes classifications infraspécifiques. Dans ce chapitre, on compare plusieurs schémas de classification reposant sur différents types de caractères, en concentrant les analyses sur des échantillons largement partagés. Ensuite sont examinées quelques situations particulières permettant d'aborder certains aspects de la dynamique qui conditionne la diversité génétique des riz cultivés