Les champignons pathogènes ont été les premiers organismes reconnus responsables des maladies des plantes. Ils sont nombreux à l'origine des maladies de feuilles, de racines, de fruits ou des maladies systémiques provoquant des dépérissements généralisés. L'identification des champignons a longtemps reposé sur des critères morphologiques, ce qui était insuffisant. Des critères plus fins ainsi que des critères physiologiques ou la compatibilité sexuelle ont permis d'affiner la distinction des espèces fongiques. La variabilité génétique, incluant la variabilité du pouvoir pathogène, au sein d'une même espèce est d'un intérêt de plus en plus grand. Les maladies bactériennes n'ont été découvertes que bien plus tard, de même que les maladies à phytoplasmes, à virus et encore plus récemment à viroïdes. Les nématodes comptent aussi parmi les agents pathogènes des maladies des cultures pérennes tropicales. Enfin, des dépérissements dont on a tout lieu de penser qu'ils sont des maladies en raison de leur symptomatologie et de leur schéma de propagation, restent encore d'étiologie inconnue. Outre cette diversité d'agents pathogènes eux-mêmes, il est intéressant de noter la variabilité au sein de chaque espèce, variabilité biologique, sérologique, moléculaire, se traduisant souvent par des variations de l'agressivité. Les études étiologiques doivent s'accompagner de recherche sur les modes de propagation du parasite, en particulier quand la vection se fait par un insecte, un nématode ou encore un champignon