Les personnes en charge d'une collection de matériel génétique devant répondre à des questions importantes concernant les aspects de diversité génétique, ont besoin de connaître les outils appropriés. Afin d'optimiser leur travail, les résultats suivants doivent être obtenus : réduire la redondance, confirmer la hiérarchie éco-géographique de la core collection ou proposer de nouvelles répartitions, maximiser la diversité allélique dans un groupe donné de la core collection et identifier rapidement l'intérêt d'une nouvelle entrée. Les techniques moléculaires sont apparues depuis les années 70 : d'abord l'électrophorèse isoenzymatique, puis l'analyse par RFLP, la méthode RAPD, l'AFLP comme nouvelle technique pour les empreintes d'ADN et enfin la combinaison RFLP - PCR. Les données alléliques sont analysées à l'aide de la génétique des populations, alors que les données de séquences sont analysées par des approches cladistiques. Les nouvelles méthodes combinent l'analyse des données moléculaires et les caractères quantitatifs tels les QTL. Pour identifier les gènes, il est nécessaire d'échantillonner à différents niveaux dans le pool génétique, en champ lors d'une prospection, dans la collection de base ou dans la core collection. Pour illustrer ces diverses applications à la gestion des ressources génétiques, le cocotier est pris comme exemple