L'origine des cacaoyers haploïdes est étudiée à l'aide de marqueurs morphologique (couleur de la graine) et enzymatiques (isocitrate déshydrogénase, alcool déshydrogénase, malate déshydrogénase-locus B, phosphoglucose isomérase, phosphatase acide, phosphoglucomutase-locus B). L'analyse de 250 haploïdes obtenus soit par croisement contrôlé soit par pollinisation libre dans un jardin biclonal montre l'existence de plusieurs groupes : haploïdes homogènes (un seul allèle, d'origine paternelle ou maternelle); haploïdes chimériques formés vraisemblablement par semi-gamie (deux génotypes différents, l'un des deux étant le plus souvent perdu avant la production des feuilles); chimères haploïdes-diploïdes (comportant les 2 types de tissus et aisément discernables à l'oeil)