Les haploïdes spontanés représentent de 0 à 3 % des cacaoyers selon les génotypes. Ils sont en grande majorité d'origine femelle. Quelques haploïdes d'origine mâle (2 %) et des chimères (4 à 5 %) de différents types sont également rencontrés. Pour l'instant, la production d'haploïdes n'a pu être réussie que par pollinisation avec du pollen issu de plantes virosées