Un nombre élevé d'organismes viraux hétérogènes ont été regroupé sous le genre Phytomonas. Les études utilisant des isoenzymes et des enzymes de restriction (kDNA, RAPD) confirment la possibilité de classification des Phytomonas fondée sur des critères biologiques (type de tissus ou de cellules colonisées). D'après ces études moléculaires les trypanosomes intraphloémiques peuvent être séparés en deux sous-groupes et les trypanosomes intralactifères en six sous-groupes