Le déficit en oxygène qui apparaît dans les sols inondés modifie l'activité microbiologique marquée alors par une diminution des populations bactériennes aérobies et une prolifération de bactéries anaérobies. L'évolution de la fraction organique diffère des milieux aérés par une limitation de la décomposition des matières fraîches. Le développement des microorganismes anaérobies s'accompagne de la réduction de composés minéraux parfois toxiques et de modifications des paramètres physico-chimiques. En altitude, les conditions de basses températures accentuent les contraintes. Deux sols de la plaine de Vinaninony sont étudiés sur le plan de leur composition et de leur comportement chimique, physicochimique et biochimique. La limitation des rendements et la faible réponse de la fertilisation minérale sur un type de sol est interprétée comme étant due aux fortes teneurs en aluminium et en matière organique