La cartographie du génome et la mise en valeur de la diversité génétique du cacaoyer ont été plus particulièrement étudié au cours des trois dernières années au CIRAD dans le cadre des études sur les marqueurs moléculaires. Le but étant de localiser les principaux gènes impliqués dans l'expression des caractères présentant un intérêt. Des banques d'ADN génomique et d'ADNc ont été élaborées et les cDNA ont été testés. Les marqueurs RAPD polymorphiques ont également été criblés et une première carte mentionnant les marqueurs RFLP, RAPD ainsi que les isoenzymes a été établie. La diversité génétique de deux cent clones couvrant les groupes géographiques de l'espèce a été évaluée à l'aide de différents marqueurs moleculaires : l'ADN ribosomique nucléaire, des sondes cytoplasmiques ainsi que des ADNc. Les marqueurs RAPD seront également utilisés à l'avenir