Des séquences homologues à des gènes de résistance (ou de défense) ont été isolées avec succès chez le cacaoyer en utilisant une approche PCR avec des amorces consensus. Des fragments d'ADN homologues à 2 classes de gènes de résistance ont été recherchés : une classe est celle des gènes (N) du tabac qui contiennent des régions riches en leucines (LRR) et qui sont impliqués dans des interactions entre protéines, et particulièrement dans un complexe "récepteur-ligant". Ces zones "LRR" sont caractérisées par la présence ou l'absence d'un site "nucleotide-binding" (NBS). L'autre classe contient le gène Pto de la tomate et le gène de résistance XA21 du riz codant pour une protéine dont la caractéristique est de posséder une zone kinase et qui semble jouer le rôle de récepteur trans-membrane. Parmi tous les fragments analysés, 18 révèlent des homologies avec des gènes de résistance. Ces séquences ont pu être cartographiées sur la carte de référence. Comme il a été noté chez d'autres espèces, 2 clusters de RGA analogues, contenant une région NBS, ont été identifiés sur les chromosomes 7 et 10. D'autres séquences homologues de gènes de résistance de la pomme de terre et du blé ont été cartographiées sur d'autres régions des chromosomes 1, 2, 4, 9 et 10. Des fragments d'ADN du cacaoyer ayant des homologies avec des gènes de défense ont aussi été recherchés : 9 fragments d'ADN de cacaoyer ayant des séquences homologues à des gènes clonés d'osmotine/thaumatine pour les homologues des PR5 et de glucanase pour les homologues des PR2 ont été isolés. Parmi eux, 3 fragments homologues des PR2, correspondant aux gènes de défense (gène beta-1,3-glucanase) peuvent aussi être cartographiés sur les chromosomes 5 et 9. Des co-localisations de ces homologues de gènes de résistance ou de défense ont été observées. Parmi les loci NBS, PT ou Pti, quatre ont été cartographiés dans les mêmes régions que les QTLs identifiés pour les caractères de résistance. Les 3 fragments d'ADN du cacaoyer ho