La mise au point d'un diagnostic précoce de la maladie du cacao swollen shoot provoquée par le CSSV (Badnavirus) est un enjeu important pour une indexation du matériel clonal destiné a être exporté sous forme bouture et greffon. Un diagnostic précoce est également nécessaire lors du criblage des cacaoyers pour la résistance au CSSV pour confirmer rapidement la sensibilité des cacaoyers à la maladie. Des protocoles d'amplification du CSSV par PCR ont été mis au point sur des plantes présentant des symptômes depuis un an et plus. Ils ont été optimisés grâce à l'utilisation d'un kit d'extraction Qiagen (DNeasy), qui contrairement au protocole d'extraction classique, permet d'éliminer des molécules de la plante inhibant la Taq polymérase. Deux couples d'amorces ont été choisis dans la partie conservée de l'ORF3, codant pour la reverse transcriptase et la RNase H, et permettent d'amplifier un fragment de 457pb. Les premières sont dégénérées et permettent théoriquement d'amplifier le CoYMV, le SCBV, le RTBV aussi bien que le CSSV, les secondes ne sont pas dégénérées et correspondent à la même région de l'isolat Agou 1 du CSSV (le seul isolat séquencé). De jeunes plantules de cacaoyers de 1 mois (stade 4 feuilles) ont été inoculées par agroinoculation à l'aide de la souche sévère togolaise Agou 1, clonée dans Agrobacterium tumefaciens. Tous les deux à trois jours, l'ADN a été extrait des feuilles les plus jeunes puis amplifié à l'aide des différents protocoles PCR mis au point, pour mettre en évidence leur seuil de détection. Les premiers signaux positifs sont obtenus 6 jours après l'inoculation, les plus tardifs 20 jours après. 100% des plantes ayant été inoculées ont permis l'amplification du virus par PCR à l'aide des amorces non dégénérées. Les premiers symptômes n'apparaissent qu'après 4 semaines (rougissements des nervures des feuilles immatures et gaufrements), les premiers gonflements sont observés sur les tiges 8 semaines après inoculation (2/15 plantes), soit 3 s