Les trypanosomes pathogènes pour le bétail en Afrique sont identifiés par les techniques parasitologiques classiques comme appartenant aux espèces Trypanosoma brucei, T. evansi, T. equiperdum, T. congolense, T. simiae et T. vivax. Les espèces T. brucei, T. evansi et T. equiperdum d'une part et T.congolense et T. simiae d'autre part ne sont pas reconnaissables morphologiquement sur lame. Ces trypanosomes sont identifiés par des caractères de pathogénicité et épidémiologiques. Les outils apportés par la biologie moléculaire permettent maintenant d'envisager une caractérisation précise des parasites à la fois chez le vecteur et chez l'hôte. L'amplification en chaîne par polymérase ou PCR permet de distinguer T. congolense de T. simiae et de caractériser 5 'taxons' nouveaux au sein de l'espèce T. congolense. Les études épidémiologiques menées au Burkina Faso, associant la caractérisation des parasites chez les bovins et chez les glossines, l'origine des repas sanguins chez les vecteurs, la localisation précise des captures, donnent une image plus complète et plus fine de la transmission de ces parasites. Ces études sont indispensables à la mise en place de méthodes de lutte plus efficaces.