Le cacaoyer est un arbre particulièrement sensible aux maladies et aux ravageurs qui constituent souvent des facteurs limitants sa production. Actuellement on estime que 70 % des plantations sont constituées de populations peu ou pas sélectionnées, 25 % de variétés hybrides sélectionnées et moins de 5% de variétés clonales. Si la productivité est le principal critère de sélection, la résistance aux maladies est également la base de plusieurs programmes. Les méthodes de sélection sont basées sur la sélection de variétés clonales et la sélection d'hybrides de clones.