En 1994, la signature des accords de Marrakech a consacré l'intégration de l'agriculture dans le mouvement de libéralisation des échanges et, avec la création de l'OMC, précisé les règles commerciales multilatérales. Dans ce cadre, la compatibilité des conventions de Lomé signées depuis 1975 entre l'Union européenne et certains pays en développement d'Afrique-Caraïbes-Pacifique (ACP) est contestée. L'UE et les ACP on essayé d'obtenir une dérogation de leurs partenaires à l'OMC pour maintenir leur système commercial asymétrique. Mais le conflit sur la banane a prouvé les limites de ce qu'ils pouvaient obtenir puisque l'Union européenne a dû faire des concessions dès lors que les enjeux commerciaux étaient importants. De ce fait, UE et ACP ont entamé à Cotonou en juin 2000 la renégociation de leurs accords commerciaux pour les rendre conformes aux règles multilatérales. Les pays ACP ont gagné la bataille du temps en obtenant la prolongation de la négociation jusqu'en 2008 : ce qui proroge d'autant le régime actuel. Mais ils ont perdu la guerre dans la mesure où ils n'ont pas obtenu, pour en supprimer le caractère discriminatoire, l'extension à l'ensemble des pays en développement du "système de préférence de Lomé", basé sur des concessions commerciales non réciproques. La mise en conformité passera par la création de zones de libre-échange. Celle-ci sauvegarde l'idée d'un accord commercial spécifique UE/ACP, mais débouche sur une discrimination au profit des pays ACP les moins avancés (PMA), cohérente vis-à-vis de l'OMC et de l'initiative de l'UE en faveur de l'ensemble des PMA.