Cette mission a été réalisée dans la perspective de mettre en place des collaborations avec différentes institutions impliquées dans la recherche sur le cacaoyer au Brésil, à savoir: le CEPLAC (Comissao Executiva do Plano da Lavoura Cacaueria), l'université UESC (Universidade Estadual de Santa Cruz) et la station de recherche privée "Fazenda Almirante" appartenant à la société Mars m&m. UESC dispense différents enseignements (Médecine, Agronomie, Biométrie...). Ce partenaire a manifesté un grand intérêt à collaborer avec le Cirad dans le domaine de la génomique du cacao et plus particulièrement concernant la maladie du balai de sorcière due à Crinipellis perniciosa, maladie qui a fortement déstabilisé la production de cacao dans l'état de Bahia. UESC à une activité de recherche en biologie moléculaire et participe activement au programme de séquençage de Crinipellis. Ce projet, dont la coordination générale revient à UNICAMP (état de Sao Paulo), associe d'autres partenaires comme le CEN ARGEN et le CEPLAC. Un premier contrat entre UESC et le CIRAD pourrait être signé pour trois ans. L'activité du chercheur CIRAD serait en partie basée sur le tri d'EST (Express Sequence Tag) obtenu à partir de matériel infecté et non infecté par Crinipellis. Le CEPLAC est l'organisme responsable de la recherche cacaoyère au Brésil et à ce titre, il propose les nouvelles sorties variétales à diffuser aux planteurs. Malgré des difficultés financières, les activités liées à l'amélioration génétique (études sur la diversité, la sélection, la cartographie de QTL), en partie financée par des projets (USDA, CFC), produisent des résultats très intéressants. Des premières propositions de collaboration entre le CIRAD et le CEPLAC ont été évoquées, plus particulièrement concernant les aspects liés au marquage moléculaires.