Les microsatellites, encore appelés SSRs (Simple Sequence Repeats), sont des marqueurs moléculaires pratiques qui sont largement répandus dans les génomes animaux et végétaux. Leur intérêt réside dans le fait qu'ils sont locus-spécifiques et Co-dominants. Chez les plantes, ils ont été utilisés pour établir et saturer des cartes génétiques depuis moins de 10 ans, en complément des marqueurs RFLP, AFLP, RAPD et isoenzymatiques. Les microsatellites ont déjà été utilisés pour des études génétiques du caféier. Dans ce travail, ils nous permettront une bonne définition des QTL que l'on recherchera dans différentes descendances. Une banque génomique de Coffea canephora (Clone 126) a été obtenue avec l'endonucléase Rsa 1 et enrichie en séquences GA et GT avec des particules magnétiques recouvertes de streptavidine. Plus de 800 clones ont été obtenus et séquencés. Après élimination des redondances, on espère construire plusieurs centaines de paires d'amorces et les utiliser pour la détection des loci SSR par amplification PCR. Ces loci seront placés sur des cartes de croisements inter et intra-spécifiques de Coffea.