La protection des cultures dans son approche la plus large doit tenir compte des coûts de traitement chez le producteur, de la perte de l'homologation de certains produits phytosanitaires, des problèmes liés à la protection de l'environnement, de la demande d'un produit de qualité par le consommateur. La mise au point d'une méthode de lutte doit prendre en considération trois types de facteur affectant directement ou non la santé des arbres et la qualité de la culture : les facteurs abiotiques (structure de la culture, pratiques culturales, environnement), biotiques (résistance de l'hôte, nature du porte-greffe, physiologie, compétition) et politiques (programme d'assainissement et d'enregistrement du matériel végétal, quarantaine, éradication). Les méthodes de régulation interviennent principalement dans deux situations où elles se révèlent être une barrière efficace. Dans un premier type de situation, lorsqu'une maladie n'est pas encore présente dans une région, la première défense consiste à éviter son introduction et à exclure l'agent pathogène s'il devait être introduit. Un second type de situation est représenté par l'apparition d'une nouvelle maladie dont l'incidence est faible. La lutte consiste alors à réduire l'inoculum ou à l'éliminer avec la mise en place d'un programme d'éradication et la distribution de matériel assaini, qui empêche la diffusion de plants contaminés. Les programmes d'assainissement et de certification ont pour objectifs de fournir du matériel de propagation et des plants indemnes des principales maladies de dégénérescence répertoriées et dont l'authenticité variétale est reconnue. Pour illuster la conduite d'un programme d'assainissement, des exemples sont pris chez différentes cultures fruitières, notamment chez les agrumes