Succédant à la convention de Lomé, l'accord de Cotonou a été signé en juin 2000 entre l'Union européenne et 77 pays acp. Cet accord repose sur deux piliers : l'organisation des relations commerciales entre les deux groupes de pays d'une part, la coopération et l'aide au développement d'autre part. Le nouveau régime commercial vise à mettre en place à partir de 2008 des zones de libre échange sous forme d'accords de partenariats économiques (ape). Cette évolution a pour objet d'introduire la réciprocité dans les concessions commerciales, et de rendre ainsi les arrangements commerciaux compatibles avec les règles de l'omc. Si les soldes commerciaux totaux entre l'ue et la zone acp d'une part, entre l'ue et l'Afrique du sud d'autre part sont approximativement équilibrés, il n'en est pas de même pour le solde commercial agricole, très nettement en faveur des acp comme de l'Afrique du sud. Au cours des années 90, la zone acp a maintenu, voire consolidé, pour ses produits agricoles, sa part de marché dans l'Union européenne. Dans le même temps, les parts de marché acp pour les produits non-agricoles se sont effondrées. La part des produits agricoles dans le total des exportations a donc largement augmenté sur la période pour atteindre plus de 40% en 1999. Les exportations agricoles des pays acp sont assez concentrées : trois régions (l'afrique de l'ouest : uemoa, le sud de l'afrique : sadc et l'afrique de l'est : eac) représentent 60% du total. Cette concentration géographique s'accompagne d'une spécialisation de chacune des régions : le cacao pour l'uemoea, le café pour l'eac, enfin le sucre, le tabac et les produits de la pêche pour la sadec. La structure des exportations agricoles de l'Afrique du sud est radicalement différente de celle des pays acp : les fruits y jouent un rôle totalement dominant (frais, secs et transformés). Les produits agricoles n'ont cependant pas la même importance au sein des exportations européennes à destination de la zone acp (à peine 15%).