La maladie des taches noires, officiellement répertoriée dans une vingtaine de pays tropicaux et subtropicaux, est un facteur limitant le rendement du manguier surtout au cours des années où la saison des pluies est marquée. Une analyse de l'épidémiologie de cette maladie a été entreprise au CIRAD Réunion, en partenariat avec quelques laboratoires étrangers. Nous avons choisi d'associer à une approche d'épidémiologie quantitative classique une approche moléculaire. Ces deux approches sont complémentaires. La première permet de mesurer la vitesse de progression des épidémies et de la mettre en relation avec différents facteurs biotiques ou abiotiques. Dans cette approche, l'inoculum bactérien associé aux épidémies est considéré comme une entité homogène. L'intégration d'outils moléculaires permet de subdiviser cet inoculum en sous-populations génétiquement différentes et caractérisées. L'intégration de la génétique des populations permet en outre d'obtenir des informations sur l'étendue de la diversité des populations associées aux épidémies. L'évolution spatio-temporelle d'épidémies sur cultivars de manguier sensible (Haden) et partiellement résistant (Heidi) à la maladie des taches noires sera présentée, ainsi que quelques exemples de l'intérêt d'une séquence insertionnelle (IS 1595) et d'un gène d'avirulence de la famille d' avrBs3 dans la mise en évidence de phénomènes de migration d'inoculum et dans l'étude des pressions de sélection exercées par un hôte partiellement résistant sur les populations pathogènes.