Les protozoaires sont une des pierres angulaires des affections parasitaires tropicales chez l'homme et les animaux. Leur rôle est longtemps resté une curiosité en phytopathologie avant qu'on ne découvre leur présence chez des plantes malades présentant localement une importance économique. Ce chapitre vise à attirer l'attention sur ce type peu connu d'agents phytopathogènes; il décrit brièvement quelques maladies provoquées par les protozoaires flagellés, ainsi que leurs principales caractéristiques biologiques (symptômes, vecteurs,...). Ces éléments de la biologie des phytopathogènes sont un préalable indispensable pour aborder la problématique du diagnostic et évaluer la faisabilité technique des différentes stratégies de lutte.