Les résistances utilisées dans les programmes d'amélioration génétique et/ou les stratégies de gestion des résistances seront choisies pour qu'elles soient efficaces et durables. Des études sur la structure génétique et l'évolution des populations pathogènes sont ainsi nécessaires (Milgroom and Fry, 1997). Elles se font dans l'espace, afin de décrire la répartition de la diversité génétique au sein des populations pathogènes, et dans le temps vis-à-vis de peuplements hôtes résistants, pour évaluer le potentiel adaptatif de ces populations. Nous recherchons au travers de ces études à évaluer l'importance relative des différents facteurs évolutifs (mutation, recombinaison, dérive génétique, migration et sélection) dans l'évolution des populations pathogènes. Une caractéristique essentielle des pathogènes à prendre en considération dans l'étude de la structure d'une population est l'existence d'une reproduction sexuée dans la nature et des recombinaisons génétiques qui se manifestent en cas de sexualité. Cette caractéristique aura des conséquences aussi bien sur l'approche méthodologique de l'étude de la structure des populations (choix du type de marqueurs) que sur la gestion ultérieure des résistances. Pour illustrer cette problématique, les études relatives à deux modèles sont présentées. La première étude concerne un champignon présentant une reproduction sexuée, Mycosphaerella fijiensis (l'agent responsable de la maladie des raies noires du bananier), tandis que l'autre parasite, Magnaporthe grisea (responsable de la pyriculariose du riz) ne possède pas de forme sexuée dans la quasi-totalité des zones rizicoles.