La cartographie de locus à caractère quantitatif (QTL) a été réalisée chez le cacaoyer (Theobroma cacao L.) pour des caractères agronomiques. Des régions du génome impliquées dans le rendement, la vigueur et la résistance à Phytophthora palmivora, ont été identifiées. Trois clones hétérozygotes, un Forastero haut Amazonien (IMC78) et deux Trinitario (DR1 et S52) ont été croisés par le même parent mâle (Catongo), Forastero bas Amazonien qui est connu pour être hautement homozygote. Les observations ont été réalisées sur neuf années consécutives. Un à trois QTL impliqués dans le rendement ont été détectés chez chacune des trois populations, localisés sur les chromosomes 1, 2, 4, 5, 9 et 10. Ils ont expliqué entre 8,1 et 19,3% de la variation phénotypique et ont montré différents niveaux de répétabilité. Chez IMC78, le QTL détecté sur le chromosome 5 était le plus stable. Le QTL pour le poids moyen de la cabosse, sur le chromosome 4, était le plus significatif avec un LOD de 17,3 et un R2 de 43,7. Des QTL impliqués dans ces caractères ont été identifiés dans les mêmes régions du génome chez des clones appartenant à différents groupes génétiques. Ceci laisse prévoir que les marqueurs moléculaires pourraient être utilisés pour améliorer les variétés de cacaoyers.