Les trois objectifs majeurs de la core collection sont de disposer d'une représentation aussi large que possible de la diversité génétique, de pouvoir réaliser des études approfondies sur un ensemble réduit de génotypes, d'espérer extrapoler les résultats ainsi obtenus pour faciliter la recherche de génotypes appropriés dans les collections de base. Actuellement, pour constituer une core collection, la plupart des chercheurs s'accordent sur la nécessité d'une stratification préalable à l'échantillonnage. En d'autres termes, il s'agit de prendre en compte l'organisation de la variabilité en groupes et sous-groupes. En revanche, plusieurs démarches sont proposées pour l'échantillonnage au sein des groupes et sous-groupes. Une nouvelle méthode d'échantillonnage est proposée dans ce chapitre, la PCS (principal component scoring), dont le but est de maximiser la diversité échantillonnée. Cette diversité est mesurée en utilisant des variables quantitatives ou qualitatives, dont le choix est discuté. On examine également les effets de la PCS sur la stratification de l'échantillonnage et sur la taille de l'échantillon. On présente, enfin, quelques exemples de core collections réellement valorisées