Le dépérissement bactérien de l'oignon s'est répandu sur pratiquement tous les continents depuis trente ans et dès les années 1980 aux Mascareignes, provoquant des dégâts importants. Les travaux récents menés par le CIRAD, en collaboration avec divers acteurs locaux et internationaux, ont permis d'identifier la bactérie Xanthomonas axonopodis pv. allii et clarifier son spectre d'hôtes. Les techniques récentes de biologie moléculaire ont servi à classer les souches mondiales et envisager un réseau d'épidémio-surveillance de cette maladie. La bactérie est présente dans les semences ; une faible proportion de graines contaminées est capable de déclencher des épidémies conséquentes. Ceci explique en grande partie l'émergence du dépérissement bactérien, probablement liée aux échanges internationaux de semences infectées. Les travaux actuels sont axés vers une meilleure compréhension du cycle biologique de l'agent pathogène et la mise au point d'un outil de détection moléculaire sensible, fiable et rapide de la bactérie pour la certification des semences.