Les controverses sur les puits de carbone, ou sur le changement climatique en général, ont accompagné et accompagneront encore les négociations internationales sur le Protocole de Kyoto. Cependant, ces controverses ne reflètent pas réellement la nature des débats politiques qui ont lieu lors des Conférences des Parties: les négociations portent sur les règles à appliquer pour rendre le système dans la mesure du possible cohérent et opérationnel et, surtout, acceptable par toutes les Parties. A Bonn, un accord ne serait pas intervenu si les puits n'avaient pas été intégrés. Au même titre que la supplémentarité, l'inclusion des puits était nécessaire pour aboutir à un accord. Même si le Protocole n'est pas encore appuyé par un nombre suffisant de ratifications pour entrer en vigueur, l'inclusion de certaines activités rurales dans la lutte contre le changement climatique a été confirmée et précisée à Bonn puis à Marrakech. Seront comptabilisées les activités de déboisement, boisement, reboisement, gestion forestière, gestion des sols agricoles et revégétalisation dans les pays de l'Annexe I et les activités de boisement et reboisement dans les pays du Sud par le biais du MDP. Les discussions relatives à l'intégrité environnementale du Protocole de Kyoto ou aux impacts sur l'environnement et le développement local ne sont donc pas terminées. À peine seront-elles closes en 2003 qu'elles reprendront pour l'élaboration des règles concernant les périodes d'engagement ultérieures, après 2012. Les difficultés de la négociation ressenties à La Haye, pour finalement aboutir à l'accord de Bonn puis celui de Marrakech, ne sont probablement que les prémisses d'autres débats houleux sur le sujet.