La culture cotonnière, pratiquée principalement par des petits agriculteurs dans les pays du Sud, est l'objet de nombreuses bioagressions. Cette sensibilité en a fait une culture consommatrice de près du quart des pesticides chimiques produits annuellement au niveau mondial. Après un demi-siècle de telles pratiques, la culture cotonnière est en quête de solutions alternatives, plus respectueuses de l'environnement, mais aussi socio-économiquement acceptables : utilisation de pesticides biologiques, culture biologique, culture de cotonniers transgéniques. Des éléments de prospective relevant de l'agroécologie sont avancés. L'interprétation de ces données conduit à considérer la culture du cotonnier comme un cas d'école pour la protection phytosanitaire dans son ensemble.