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A new international cocoa genetic database

Ruiz M., Rouard M., Turnbull C.J., Orain R., Ford C.S., Raboin L.M., Lartaud M., Lanaud C., Clément D., Petithuguenin P., Wilkinson M.J., Hadley P., Brown S., Rosenquist E., Courtois B.. 2005. In : 14th International Cocoa Research Conference. Proceedings : rumo a uma economia sustentavel do cacau - quais as estrategias para este fim ?. Lagos : Cocoa Producers' Alliance, p. 33-41. Conférence Internationale sur la Recherche Cacaoyère. 14, 2003-10-13/2003-10-18, Accra (Ghana).

Le CIRAD (Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement, France), la University of Reading (School of Plants Sciences, R-U) et le USDA (United States Department of Agriculture, USA) ont mis en place un projet commun de développement d'une nouvelle banque de données moléculaires, génomiques et phénotypiques. Cette banque de données combinera des informations génétiques moléculaires enregistrées dans la TropgeneDB (une banque de données moléculaires développée par le CIRAD) et des données phénotypiques incluses dans l'ICGD (Banque internationale de données sur le matériel génétique du cacao développée par l'université de Reading). La TropgeneDB est organisée par type de culture et comporte actuellement trois modules (cacaoyer, canne à sucre et bananier). Les données les plus communes enregistrées dans la TropgeneDB sont: des cartes génétiques et physiques, des marqueurs, QTL (Quantitative Trait Loci), des séquences de données et des données moléculaires sur les ressources génétiques. Actuellement, le module du cacao comporte environ 500 clones avec leurs génotypes et divers marqueurs (RFLP, AFLP, microsatellites, isozymes, etc.), des cartes génétiques et des informations sur les marqueurs. L'ICGD fournit des informations phénotypiques sur le matériel génétique du cacaoyer. Elle héberge une collection d'environ 13800 entrées différentes avec des informations détaillées sur les origines génétiques et géographiques, l'histoire de la constitution de la collection, la morphologie, les ravageurs, les maladies, les réactions aux conditions difficiles, les caractères de qualité et agronomiques ainsi que des données anatomiques. Toutes ces données seront incorporées dans la nouvelle banque de données sur le matériel génétique du cacaoyer. Des informations phénotypiques continueront d'être soumises à l'ICGD par les utilisateurs et des données génétiques moléculaires à la TropgeneDB. Des données nouvelles et actualisées seront régulièrement

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