Les cacaoyers spontanés (Theobroma cacao L.) du sud-est de la Guyane Française, prospectés et collectés entre 1985 et 1995, constituent un groupe original et l'un des pôles de la structuration génétique de l'espèce. Dix neuf populations (demes) originaires de cinq rivières (Oyapok, Euleupousing, Yaloupi, Camopi et Tanpok) des deux principaux bassins fluviaux de la Guyane Française sont représentées en collections, en Guyane, dans de nombreux pays producteurs et en stations de quarantaine. L'étude présentée concerne la structuration génétique de ce groupe et les paramètres de génétique des populations, pour l'ensemble (soit 138 clones au total) et pour les huit populations les plus richement représentées. La méthode utilisée est l'électrophorèse d'iso-enzymes, à l'aide de six systèmes enzymatiques (9 locus). Les résultats montrent un nombre moyen d'allèles par locus élevé (1.9), un pourcentage de locus polymorphes élevé (77.7) et une hétérozygotie moyenne observée faible (0.085). Les diverses populations présentent des fréquences alléliques très variables. L'indice de fixation de Wright, d'environ 20%, indique une grande différentiation génétique entre populations. La structure génétique du groupe montre que les populations de la rivière Camopi se séparent en deux groupes, confirmant des résultats antérieurs obtenus par d'autres descripteurs, et que les populations des autres rivières sont différentes, celle de la Kérindioutou étant la plus éloignée des autres. L'utilisation de témoins appartenant à d'autres groupes morpho-géographiques (Forastero haut et bas-Amazoniens, Trinitario) confirme l'originalité des cacaoyers guyanais. La richesse allélique globale, l'originalité, ainsi que le caractère faiblement hétérozygote des clones, montrent l'intérêt potentiel en amélioration génétique de ce groupe génétique. La forte différenciation entre populations milite pour une poursuite des prospections dans l'ensemble du Plateau des Guyanes.