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Variabilité du virus du cacao swollen shoot (CSSV) : clonage et analyse de quatre nouvelles séquences entières

Muller E., Sackey S., Mississo A.. 2005. In : 14th International Cocoa Research Conference. Proceedings : rumo a uma economia sustentavel do cacau - quais as estrategias para este fim ?. Lagos : Cocoa Producers' Alliance, p. 653-661. Conférence Internationale sur la Recherche Cacaoyère. 14, 2003-10-13/2003-10-18, Accra (Ghana).

Le virus du cacao swollen shoot (famille des Caulimoviridae, genre badnavirus) est un virus transmis par cochenilles et présent dans toute la zone de production cacaoyère de l'Afrique de l'Ouest. Les symptômes caractéristiques de la maladie sont le rougissement des nervures des jeunes feuilles et le gonflement des tiges et des racines. La première séquence entière d'un isolat de CSSV a été obtenue en 1993 mais très peu d'informations sont disponibles sur la variabilité moléculaire de ce virus. Un nouvel isolat Togolais (Nyongbo 2) et 3 isolats Ghanéens (N1A, New Juaben et Peki) ont été clonés après amplification de la séquence totale par PCR. Un clone par isolat a été choisi pour le séquençage. La taille du génome total varie de 7024 pb pour l'isolat N1A à 7242 pb pour l'isolat Nyongbo 2. L'organisation des ORFs est globalement la même pour tous les isolats et diffère essentiellement par la disparition partielle de l'ORFX pour les 3 isolats Ghanéens et par l'existence d'un cadre ouvert de lecture supplémentaire pour l'isolat Peki, qui code pour une protéine potentielle de 11 kDa. Les alignements des séquences nucléotidiques et protéiques des 5 ORFs permettent de séparer clairement les 5 isolats suivant leur origine géographique Togo ou Ghana plutôt que selon leur agressivité (N1A et Peki provoquent des symptômes atténués, sans gonflements). Quatre arbres phylogénétiques ont été construits en utilisant les séquences d'acides aminés codées par les cadres de lecture 1, 2, 3, et Y des 5 isolats de CSSV. L'ORF X des 3 isolats Ghanéens a une taille 20% inférieure à celle des isolats Togolais et les protéines codées sont bien plus distantes entre elles que les protéines codées par les autres ORFs. Le taux de substitution des acides aminés est très important pour cet ORF comparé à celui des autres ORFs ce qui laisse supposer le rôle non-fonctionnel du cadre de lecture X comme du cadre de lecture 4 de l'isolat Peki (aucune protéine similaire à la protéine potentiellement codée par l'ORF4 de l'isolat Peki n'a été mise en évidence par une recherche BlastP et ce cadre de lecture est absent chez les autres isolats). Parallèlement, l'ORF Y qui code pour une protéine de fonction inconnue, est très conservé. La variabilité globale entre les 5 isolats (environ 80% d'identité nucléotidique) n'est pas très élevée comparée à la variabilité trouvée dans le domaine correspondant à la transcriptase reverse de l'ORF3, entre des isolats de deux régions différentes du Togo (60% d'identité nucléotique). Il serait maintenant particulièrement intéressant d'obtenir les séquences complètes de ces isolats très divergents. Des essais de transmission de ces clones par bombardement sur cacaoyer sont en cours, de manière à confirmer les différentes conclusions.
Communication de congrès

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