La maladie du balai de sorcière, causée par Crinipellis perniciosa (Stahel) Singer, est la plus importante maladie du cacaoyer (Theobroma cacao L.) dans les zones de culture cacaoyère d'Amérique du Sud et des Iles Caraïbes. On sait peu de choses de la biologie génétique de la population pathogène, et ces informations sont très importantes pour les programmes d'amélioration génétique de l'hôte et le déploiement d'un matériel végétal résistant. Un programme de collaboration internationale a été lancé pour identifier et décrire la diversité génétique de Crinipellis perniciosa en Amérique du Sud. Les microsatellites (SSR) constituent des marqueurs génétiques riches en information pour les études génétiques de populations, du fait de leur nature codominante et multiallélique et leur répartition dans le génome. Les amorces SSR qui ont été recherchées dans la base de données du génome de C. perniciosa étaient conçues comme des candidats éventuels pour la définition d'un protocole d'empreinte moléculaire efficace, standardisé pour cet agent pathogène. Une évaluation a été réalisée sur ces amorces pour en déterminer la fiabilité, l'étendue de leur diffusion à travers le génome de C. perniciosa et leur capacité de discrimination des isolats de C. perniciosa. L'objectif final est l'étude de la structure de la diversité de la population de C. perniciosa provenant de la principale zone de culture cacaoyère du Brésil. Cette présentation rend compte des résultats préliminaires.