La biodiversité en Amazonie est menacée par le modèle dominant de mise en valeur, qui fait peu cas de ses caractéristiques intrinsèques. La mondialisation accentue la progression d'une agriculture qui ronge le massif forestier. Au Brésil, la déforestation moyenne atteint 20 000 km2 par an. La destruction des habitats est la principale cause de la perte de biodiversité. Malgré les critiques, les aires protégées restent le meilleur moyen de lutter contre cette dégradation. Tous les pays de la région misent sur le renforcement et l'élargissement de leur système national d'aires protégées. Face aux menaces plus pressantes, cette dernière décennie, les méthodes de conservation ont aussi évolué. Cependant, l'efficacité et la représentativité des aires protégées de la région doivent s'améliorer. Des aménagements méthodologiques sont nécessaires et surtout une évolution de la conception de la conservation: une plus large participation de la société et l'intégration des aires protégées dans le développement régional sont nécessaires pour assurer la durabilité de ces systèmes, menacés par la banqueroute financière et dépendants de la coopération internationale. Dans un contexte de globalisation, un changement d'échelle est également nécessaire en matière de conservation de la biodiversité et la nouvelle Organisation du traité de coopération amazonienne devrait offrir une opportunité aux pays de la région. Une approche régionale devrait permettre de revoir l'efficacité des aires protégées sous un nouvel angle, en dépassant les frontières, et surtout de regrouper les forces des pays "méga-divers", afin que leurs voix se fassent entendre dans tous les forums.