La culture de la vanille est actuellement confrontée à de grandes difficultés dues à la concurrence de la vanilline de biosynthèse, à l'augmentation de la production et à la qualité inégale des gousses. Pour améliorer la qualité et la traçabilité des produits, la diversité génétique existante doit être mieux connue. La collecte, la conservation et l'évaluation des ressources génétiques dans le centre d'origine et dans les zones de dispersion secondaire sont donc des priorités. Dans ce projet nous avons rassemblé une importante collection de vanilliers cultivés et apparentés. Des marqueurs ÀFLP ont été développés pour étudier la diversité géntique. L'analyse des données a montré une forte structuration de la diversité par espèce. La diversité intraspécifique des principales espèces cultivées, V. planifolia et V. tahitensis, est apparue faible et probablement due à l'accumulation de mutations somatiques ponctuelles à partir d'une base génétique étroite. Des variations intraspécifiques des niveaux de ploïdie sont confirmées dans le cas de V. tahitensis. L'autopolyploïdisation apparaît donc comme une voie probable de création de la diversité chez le vanillier. Des méthodologies de criblage pour la tolérance au Cymbidium Mosaic Virus et d'évaluation du potentiel aromatique des gousses vertes ont également été développées pour l'évaluation future des collections.