Les cultivars de cotonniers génétiquement modifiés sont aux portes de l'Afrique francophone après avoir été massivement adoptés en Afrique du Sud. Afin d'anticiper les effets des cotonniers Bt sur le petit paysannat, nous nous livrons à une analyse simple de la rentabilité de cette culture sur base de résultats obtenus en Afrique du Sud et de données recueillies par des collègues au Mali. Si la commercialisation du cotonnier Bt peut se justifier clairement sur le plan technique par la crainte d'une amplification de la résistance des chenilles carpophages aux insecticides, la rentabilité de cette innovation est par contre bien moins certaine. Le profit réalisé par le paysan dépendra essentiellement du niveau du rendement conditionné par des aléas d'ordre climatique, agronomiques et environnementaux et du prix de la licence technologique à charge du paysan. Pour un prix d'achat du coton-graine de 210 FCFA, le prix de 25 USD par ha semble être la limite au-delà de laquelle le paysan court un risque financier. Dans le contexte actuel de baisse des prix d'achat, la contribution financière du paysan à toute redevance technologique est questionnable. Au niveau de l'ensemble de la filière, le succès de l'adoption du cotonnier Bt en Afrique francophone sera probablement fonction de plusieurs éléments: 1) la prévention des résistances à la toxine Bt; 2) le renforcement du contrôle intégré des insectes piqueurs; 3) la modernisation du système de production de semences et 4) l'amélioration du système de vulgarisation et de suivi agricole. Le cotonnier Bt doit être considéré comme un élément du management intégré de la culture et pas comme la solution unique à l'allègement de la pauvreté.