Les travaux de taxonomie, abordés de façon polyphasique, et de définition de la gamme d'hôtes ont permis de nommer la bactérie responsable du dépérissement bactérien de l'oignon : Xanthomonas axonopodis pv.allii. L'étude à deux échelles spatiales de la diversité génétique a révélé que X.a.pv allii est caractérisé à la fois par une relative homogénéité des profils AFLP (toutes les souches appartiennent au groupe génétique 9.2. de l'espèce X. anopodis) et par une forte variabilité des profils hrp-RFLP, situation à ce jour unique pour un pathovar de Xanthomonas. l'AFLP a permis de montrer que les populations de X. a. pv allii sont géographiquement structurés, à l'exception des souches originaires des régions impliqués dans l'amélioration variétale et la production industrielle des semences ( par exemple au Texas et en Afrique du Sud), pour lesquelles les niveaux de diversité sont élevés. Dans les Mascareignes, deux populations ont été distinguées par AFLP et à l'aide de deux techniques phénotypiques. Les résultats de diversité nous ont suggéré l'existence de transferts génétiques horizontaux. L'ensemblme de ces analyses souligne la nécessité d'acquérir des informations concernant le mécanismes génétiques responsables de l'hétérogénéité du groupe de gènes hrp chez X.a.pv allii et, plus largement, nous a interrogé sur la capacité des Xanthomonas du groupe génétique 9.2. à s'adapter et à échanger du matériel génétique afin d'optimiser leur spectre d'hôtes et leur degré d'adaptabilité écologique. Par ailleurs, ce travail de thèse a permis de montrer que X.a.pv allii est potentiellement présent au niveau des semences d'oignon et transmis de la graine à la plante. L'étude pluri-annuelle des épidémies associées à un inoculum primaire porté par des semences contaminées a montré que dans des conditions climatiques favorables mais non optimales, un taux de contamination de 0,04% des semences est suffisant pour déclencher une épidémie où une incidence de maladie de 15 % est obser