Sintomas da doença azul do algodoeiro estão sendo freqüentemente observados em campos de variedades supostamente resistentes. Além destes sintomas, em várias plantas é observada a presença de folhas bastante avermelhadas. A doença azul é uma virose, cujo agente causal, o Cotton leafroll dwarf virus (CLRDV), é transmitido pelo pulgão Aphis gossypii. A patologia gera sintomas como o nanismo, enrolamento foliar e amarelecimento das nervuras. Este trabalho promoveu o diagnóstico molecular do CLRDV, usando a técnica de RT-PCR, amplificando o capsídeo viral e parte da polimerase e região intergênica, corroborada pela técnica de Southern blot, em amostras das variedades Cedro, Delta Opal, CD406 (resistentes e moderadamente resistente) e ST474 (sensíveis à Doença azul) enviadas dos municípios de Ipameri e Acreuna, no estado de Goiás. Os resultados preliminares, não só revelam possíveis eventos de quebra de resistência, como alterações no padrão sintomático da doença. Para entender ambos os processos e como eles estão relacionados, os fragmentos virais amplificados estão sendo enviados para sequenciamento e serão analisados quanto à diversidade viral em relação à primeira seqüência obtida do CLRDV.