Os marcadores moleculares têm sido utilizados em diversas etapas dos programas de melhoramento genético. Uma nova aplicação de marcadores microssatélites, visando a purificação de populações segregantes, está descrita neste trabalho. Populações F2 são obtidas pela autofecundação de plantas F1. No entanto, se alguma suposta planta F1 tenha sido obtida a partir da autofecundação do genitor materno, a população supostamente F2 estará contaminada com plantas deste genitor materno. Em uma população F2, cada planta possui 1/4 de probabilidade de possuir genótipo igual ao genótipo materno, em cada loco. Se n locos forem avaliados, a probabilidade de que a planta seja homozigota para o genótipo materno em todos os n locos será de (1/4)n. Uma população supostamente F2 de algodoeiro, constituída de 196 plantas, foi avaliada com marcadores microssatélites, e um grande número de plantas homozigotas com genótipo materno em todos os locos analisados foi identificado. Foram utilizados de seis a 35 primers microssatélites para cada planta supostamente F2. A probabilidade de que uma planta F2 seja homozigota com genótipo materno para todos os locos, quando seis locos são avaliados, é de 0,0244%. Neste caso, a probabilidade desta planta ser resultado da autofecundação do genitor materno é de 99,9756%. A partir de 12 locos com genótipo materno, e nenhum loco segregando, a probabilidade de autofecundação é de 100%. Das 196 plantas supostamente F2 avaliadas, 108 foram homozigotas para o genótipo materno em todos os locos avaliados, e foram eliminadas da população. Destas, apenas 5 plantas apresentaram probabilidade de autofecundação inferior a 100% (entre 99,9756% a 99,9999%). A população F2 estava sendo avaliada quanto à resistência à Doença Azul do algodoeiro. Sem a purificação, a hipótese de segregação de dois genes teria sido aceita. Após a purificação, a hipótese de herança de um gene dominante foi aceita. Isso porque o genitor feminino era resistente, e a resistência é dominante.