L'hybridation in situ fluorescente ("FISH") a été utilisée pour étudier la présence de chromatine introgressée chez des hybrides interspécifiques mais aussi chez une lignée cultivée, issues du croissement entre l'espèce cultivée Coffea arabica et ses proches diploïdes C. canephora et C. liberica, respectivement. L'hybridation in situ en utilisant l'ADN génomique des espèces C. canephora et C. arabica comme sondes, a montré une hybridation croisée importante chez les génomes hybrides, ce qui confirme une étroite différentiation génomique entre les parents. Cette ressemblance entre le génome actuel de C. canephora et le sous-génome de C. arabica dérivant de l'espèce C. canephora (Ca), semble très élevée. De plus, la faible discrimination entre les chromosomes du type C et ceux du type Ca, suggère des modifications structurales mineures dès l'origine même de l'espèce C. arabica, au moins dans ce qui concerne la fréquence et distribution des séquences répétées. L'hybridation génomique in situ ("GISH") a permis aussi l'identification de différents fragments d'introgression chez une lignée de C. arabica introgressée par C. liberica, ce qui a conduit à l'identification de quatre fragments d'introgression. De plus, l'analyse combiné GISH plus BAC-FISH a donné des informations importantes sur la localisation physique du fragment issu de C. liberica porteur du facteur SH3 de résistance à la rouille des caféiers. L'ensemble des résultats montre que la technique FISH représente un outil puissant pour l'étude cytogénétique des caféiers permettant l'identification rapide de chromosomes mais aussi de l'ADN introgressé chez les génotypes issus de croissements concernant des espèces diploïdes caractérisées par une différentiation génomique importante par rapport à C. arabica.