La diversité génétique du Cymbidium mosaic virus (CymMV, Flexiviridae) a été analysée à partir des séquences de deux gènes; RNA polymérase (RdRp, 37 séquences) et protéine de capside (CP, 85 séquences). La population de CymMV a une diversité nucléotidique modérée (p=0.053 et p=0.054 pour les gènes de RdRp et CP respectivement) mais est divisée en deux groupes phylogénétiques bien distincts (CymMV-A et CymMV-B). Ces deux groupes diffèrent également par le biais d'usage des codons et la structure secondaire des ARN. La majorité des différences nucléotidiques inter groupes est constituée de mutations silencieuses répartie uniformément le long des gènes étudiés. De ce fait, les séquences en acides aminés sont peu divergentes (86 à 100 % d'identité) et les deux groupes d'isolats indiscernables au niveau protéique. L'analyse des paramètres de génétique des populations montre que les deux gènes étudiés sont soumis à une forte pression de sélection (Ka/Ks = 0.009 et 0.040 pour les gènes RdRp et CP, respectivement) et suggère une forte expansion des populations de CymMV. Les isolats de CymMV qui infectent les orchidées cultivées paraissent donc avoir une origine duale et être issus de deux goulots d'étranglement. L'éventualité de propriétés biologiques différentes pour les deux groupes d'isolats reste à déterminer.