La présente étude montre la transférabilité de marqueurs microsatellites développés sur les deux espèces de caféiers cultivées (Coffea arabica L. et C. canephora Pierre ex Froehn.) à 15 espèces représentant les principaux groupes précédemment identifiés du genre Coffea. L'évaluation de la diversité et des ressources génétiques disponibles au sein du genre Coffea et le développement de marqueurs moléculaires transférables d'une espèce à l'autre sont des étapes importantes pour l'amélioration de ces deux espèces. Nous avons travaillé sur 15 espèces avec 60 marqueurs microsatellites développés suivant différentes méthodologies (banques enrichies en microsatellites, banques BAC, séquences de gènes). Nous avons plus particulièrement analysé quatre espèces d'intérêt en commerce ou en amélioration. Nos résultats établissent que les microsatellites sont hautement transférables dans le genre Coffea. Nous mettons en évidence l'important réservoir de diversité pour l'amélioration que constituent les espèces sauvages de ce genre. Enfin nous discutons des implications pour de futures études de cartographie comparée et l'amélioration des deux espèces cultivées.