Após a liberação comercial dos dois primeiros cultivares transgênicos de algodoeiros, NuOpal e DP 90B, uma comparação a grande escala foi efetuada na safra 2006-2007, na fazenda Canaã, localizada a 35 km de Primavera do Leste-MT, com o objetivo de observar as pragas não-alvo da toxina Cry 1 Ac e determinar o manejo delas. O plantio foi realizada no dia 20 de dezembro de 2006, com 4 blocos de 1 ha de cada cultivar transgênico e os cultivares quase isogênicos ACALA 90 e DeltaOpal. Ataques das pragas não-alvo seguintes foram detectadas nos dois tipos de cultivares (Bt ou não-Bt): Spodoptera eridania e Pseudoplusia includens (identificação desta espécie a bem confirmar). O manejo dessas lagartas precisou de aplicações especificas como também o manejo dos ácaros rajados, além dos pulgões e moscas brancas. O uso de produtos específicos contra as pragas não-alvo da tecnologia Bt provocou um aumento dos custos de proteção. O número de aplicações, nas cultivares Bt, não foi reduzido, mas o número de produtos usado sim, em particular as formulações destinadas a controlar as lagartas. O balanço final foi feito com a análise de custo/beneficio. A estimativa de produtividade de algodão em caroço deu os resultados seguintes: 276.8, 293.7, 264.6, 310.3 @/ha para as cultivares ACALA 90, DP90B, NuOpal e DeltaOpal, respectivamente. Considerando os custos dos insumos e as porcentagens de fibra obtida por cultivar (descaroçamento a rolo) as margens estimadas foram as seguintes, na mesma ordem: 1054, 1194, 835 e 1465 US $/ha. Dessas margens retirar os outros custos: operacionais (maquinaria e mão de obra), administrativos e serviços. A escolha dos produtos vai ter uma importância relativa para melhorar o lucro final. Os fertilizantes, como os inseticidas nesta experimentação, tiveram uma proporção de quase 33% dos custos dos insumos. Os résultados paralelos obtidos nesta comparação alertam sobre os problemas metodológicos encontrados, tanto na estimativa da produtividade como da escolha